慈禧因康黨“圍園殺後”一案，氣憤衝天，還險些賜死光緒。她在儀鸞殿上，召一些重臣跪於案右，光緒皇帝跪於案左，對光緒疾聲厲色地說：“你走得太快、太遠了，我們滿清國的滿人跟不上啊！跟不上就要罷滿官？何物康有為，能勝於選用之人？康有為之法，能勝於祖宗之法？噢，有些老臣不滿，你們就要整倒？康有為叛逆，還圖謀欲殺榮祿，甚至連哀家都要囚殺？簡直昏聵，不肖乃爾！”
另據隨侍光緒帝多年的惲毓鼎在其《崇陵傳信錄》載：“我撫養你二十餘年，可你竟然還要聽小人之言謀害我嗎？”又說：“今日無我，明日還會有你嗎？”
另一說：光緒帝欲辯解，太後不容他說，怒道：“呸！癡兒，沒有了我，哪還有你啊？！”
費行簡在《慈禧傳信錄》也記：“你是血親旁支的人，我特意把皇帝位給你坐，自你四歲入宮，**嗬護，耗盡心力，才得於成婚親政。試問我哪裏對不起你？你竟想囚我在頤和園，我看你真真是禽獸不如啊！”
而《清廷戊戌朝變記》載慈禧責備光緒帝的說法大體相同：“康有為叛逆，圖謀於我，你難道不知道嗎？你今還敢幫他們打掩護呀！”
慈禧說完叫人拿鴆酒賜死他。
大學士王文韶（1830—1908，浙江杭州人，字夔石，號賡虞，晚號退圃，成豐進士）、榮祿、奕勖、隆裕皇後等跪請饒帝。王文韶跪奏道：
太後息怒。皇上從小就在太後膝下受教，故有超越康乾兩帝之誌。
臣揣摩過皇上給康黨的聖諭，連袁世凱當時都懷疑是篡改的。所謂“殺榮祿”、“囚太後”，當是康黨一相情願所為。臣，並無庇護皇上之意，皇上為康黨異端邪說熒惑，是事實。然則太後以慈天下，亦確保國家人心安定矣。
於是，慈禧這才將光緒帝軟禁西苑（即今中南海）瀛台涵元殿。但以光緒帝“在此養屙”為名，“以釋群疑”。時人無名氏有首《囚光緒》詩，單吟了此事：