陳兵三四萬人的鴨綠江防線崩潰，遼東重鎮接連失守的消息陸續傳入京城，翁同龢的結論是李鴻章指揮不力，淮軍已經不可依靠。慶親王奕劻也認為再靠李鴻章指揮已是力不從心，但他不像翁同龢一樣單純認為是李鴻章的能力問題，他認為目前參戰的還有八旗、綠營、練軍，都非李鴻章能指揮得動，而且從山西、河南等地調往京師的軍隊正在雲集，非德高望重者不能指揮。於是他有一個主意——成立督辦軍務處。
他的設想是，督辦軍務處由恭親王任督辦，他則任幫辦；會辦則有翁同龢、李鴻藻，這兩人深得光緒帝的信任；另一個是榮祿，已經代替福輥出任九門提督，而且榮祿又深受太後信任；再一個是兵部侍郎長麟，職責所在，自然少不了他。奕劻先與翁同龢密商，翁同龢無不讚同。近來太後已經到了無事不過問的程度，因此奕劻遞牌子進寧壽宮密陳他的建議，太後也立即同意。
翁同龢、李鴻藻的地位已有深固不搖之勢，進軍機是勢所必然。目前的軍機班底是醇親王和慈禧十年前奠定，世鐸是領班軍機，不宜輕動；孫毓汶為太後賞識，也動不得；徐用儀是孫毓汶六月份才薦入軍機上學習行走，沒有逐出軍機的必要。剩下的就是額勒和布、張之萬，兩人年齡已大，體麵地休致回家，其空位就由翁、李兩人替補。
翁同龢還力薦一個人入軍機，此人名剛毅，字子良，他他拉氏，滿族鑲藍旗人。他是刑部筆帖式出身，用心鑽研大清律例，光緒元年翁同龢任刑部侍郎，對他十分賞識，派為“秋審處總辦”，主持死刑犯的勾決。轟動全國的楊乃武和小白菜案就是他具體審理平反，隨後升江西按察使，後為廣東、雲南布政使，擢山西巡撫，後又任江蘇巡撫，廣東巡撫。他與翁同龢關係極厚，這次也是奉詔進京祝壽，與榮祿一樣，在翁同龢的力薦下留京任職，出任禮部侍郎。翁同龢稱他是“結實人”“清廉明快”，認為可借他來整飭吏治。此事太後也無意見，所以當天內閣就明發上諭，公布了新軍機的人選。