按禦前會議的結果，軍機處給曾國藩及沿海督撫一份廷寄，內容自然是指授方略，除要求戰備外，還指示：“洋人詭譎成性，得寸進尺，若事事遂其所求，將來何所底止？是欲弭釁而仍不免啟釁也。此後如洋人仍有要挾，恫嚇之語，曾國藩務當力持正論，據理駁斥，庶可以折敵焰而張國威。總之和局固宜保全，民心尤不可失。曾國藩總當體察人情向背，全局通籌。”
這份廷寄其實照顧了主戰清流的情緒，聽上去好像朝廷一力主戰，是曾國藩“事事遂其所求”，太過軟弱。其實朝廷的真實意思仍然是求和，但是不肯去背軟弱的罵名，和局固宜保全，民心尤不可失，依然把難題推給了曾國藩。
除了這份廷寄，內閣則明發了一份上諭，是按曾國藩所請將他的奏折明發天下。但明發的內容隻是部分摘抄，大家看到的是曾國藩為洋人喊冤，認為洋人是文明國家，不可能幹挖眼剖心的惡行。而他是如何得出這番結論的原因，卻隻有隻言片語。因此，看到上諭的人無不認為曾國藩是被洋人買通了，做了可恥的漢奸。
京中清流最先得到消息，無不痛罵曾國藩枉為國家柱石。他的同年、同鄉紛紛寫信，客氣地表示惋惜，不客氣的滿紙責問。向以曾國藩為驕傲的湖南同鄉更是深以為恥，竟把湖南會館中曾國藩所題匾額燒毀。
最讓曾國藩尷尬的是，朝廷已旨準將知府張光藻、知縣劉傑交部議罪，但刑部卻不肯接收。他們的理由也冠冕堂皇，說如果把兩人押解進京，法國公使羅叔亞則非要來聽審，實在有失朝廷顏麵。因此，府縣官員不能押解進京，而是在天津就審。上諭說——
曾國藩等應於張光藻等抵津後，先後取具親供，照會羅叔亞。如羅叔亞仍自狡執，自應詢問該使府縣幫同主使究竟有何證據，即得之傳聞，亦應將聞自何人確鑿指出，再行當堂質訊以昭核實。若以遊移無據之詞，欲將該府縣正法，斷不能如此辦理也。張光藻等既在天津傳質，羅叔亞自亦應在津。如羅叔亞進京更無轉圜地步，曾國藩等諒亦統籌全局，熟計深思。將此由六百裏密諭知之。