在搞定了中央級別的官員後，朱元璋和吳庸開始把目光瞄準地方，布政使司——全國12個布政使司，在劫難逃。
郭桓案結束後不久，朱元璋向全國發布《大誥》。在《大誥》中，朱元璋把他的想法說給了天下人聽：英明的君主在懲治貪汙腐敗案時，必然追求除惡務盡，也就是要尋找到貪汙腐敗的源頭。郭桓案是貪汙受賄，那就必須追查到贓款的來龍去脈。從中央六部長官到各布政使司的長官(布政使)，再到各府的長官(知府)，再到各州的長官(知州)，再到各縣的長官(知縣)，再到屬民，隻有這樣一路追查下去，才能找到腐敗的源頭，才能從根子上斬斷腐敗，讓滋生腐敗的土壤不再出現。腐敗的人固然可恨，但行賄的人更可恨，所以都要一視同仁：殺。
吳庸擔任追贓小組組長，從六部長官開始，一直追查到地方布政使，布政使司隻好按照吳庸提供的數字拿出錢來。但不是每個布政使都有錢，所以布政使又去其所管轄的知府那裏要錢，知府就去知州那裏要錢，知州又去知縣那裏要錢，知縣隻好搜刮百姓，可百姓也沒有錢，而且該交的稅糧都已經交完了，憑什麽又讓他們交？於是，百姓開始暴動。
吳庸一看形勢馬上就要不受控製，急忙改變了策略，不允許知縣搜刮百姓，而是去搜刮當地的富戶。因為很少有富戶不給知縣行賄的，所以他們此時也是有口難辯，隻好咬著牙砸鍋賣鐵給上麵送錢，希望能渡過這個難關。
在經過了兩個多月的“追贓”後，大明帝國境內大部分富戶全部破產。但他們最多隻是破產而已，並未失去性命；那些官員可就倒黴了，好不容易把吳庸索要的錢物送上來，卻還是被吳庸緝拿歸案。
朱元璋對吳庸下令：“凡是官員，一經查實和郭桓案有關，立即處決。”