太宗駕崩後，玄奘回到大慈恩寺專心譯經。他嚴格按照自己的計劃進行工作：先擬訂進度表，規定每天應完成的進度，白天如果有事耽誤，那麽就用晚上的時間做晚。很多時候玄奘都深夜才睡覺，第二天天沒亮就起床。先圈出當天要翻譯的梵文原本，然後開始工作。除了譯經，玄奘每天還要講經，解答來自各地的學僧的疑惑。因為玄奘擔任上座（僧人居最高位者，在住持之下，為一寺領袖），還要時常處理一些寺務，為皇室中人講解佛經，回答他們的谘詢。雖然雜務纏身，但玄奘從來不讓這些事影響自己的譯經工作，凡事他都能從容處理，不露半點倦容。玄奘還不忘勸導來訪的王公卿相多行善事。他學養深厚，見識又廣，講解深入淺出，不令人厭煩，所以很受大家的愛戴。
向來注重未雨綢繆的玄奘，為了避免帶回的典籍和佛像遺失或遭水火之災，就在大慈恩寺的正門對麵建造了一座塔，塔中存放著七年前所帶回來的經像。開始的時候玄奘打算用石塊來建塔，但高宗指示要改為磚造，因為石造的佛塔工程浩大，費時費力。這座塔高一百八十尺，是一座西域風格的塔。整個工程費時兩年，玄奘在百忙中還曾親自挑土搬磚。
這年五月，玄奘收到了印度來的問候信和禮物，一封是戒賢的得意門生智光寫的；另一封來自精通小乘理論曾遭玄奘痛斥為謬論的慧天。玄奘寫了回信讓使者帶回，玄奘之前從大唐的使團那得知了戒賢大師的死訊，他在信中表示了哀悼之意。
玄奘在大慈恩寺收了一位特殊的弟子，那就是來自日本的留學僧道昭。他是日本史上第二批，同時也是大化革新後的第一批遣唐使及學生（僧）之一，深受玄奘的賞識。道昭很認真地跟玄奘學習，認為玄奘所倡的唯識學是很新的佛學思想。玄奘圓寂的第二年，在長安待了十二年的道昭帶著大批經論回到了日本，在奈良建立法隆寺收徒授業，是第一個將玄奘的法相宗傳到日本的人。另有智通、智達兩位留學僧也受業於玄奘，他們對於法相宗在日本的傳播也作出了一定的貢獻。還有一些留學僧在玄奘那裏學習，其中比較有名的是智周。