譯場組織完成，譯法也基本確立，玄奘就手持經文原本開始翻譯。以玄奘的佛學與文字修養，龐大的翻譯組織對於他來說，隻不過是一套檢驗體係而已。
玄奘開始了第一本佛經的翻譯，那就是《大菩薩藏經》，第一年玄奘總共完成了三部經書的翻譯。
遠征高麗的太宗，在安市城與高麗軍相持不下，太宗怕天氣轉寒對唐軍不利，於九月間班師回朝。
貞觀二十年（公元646年）七月，玄奘把完成的翻譯作品及奉命編寫的《大唐西域記》呈給太宗皇帝，這年的五月，玄奘開始了一項大工程，就是翻譯他在那爛陀寺主修的《瑜伽師地論》。
因為玄奘的關係，大唐與印度的往來也開始頻繁起來。先前戒日王派的使者很快就到了長安，太宗很高興，立即派王玄策去回訪。這個使團與玄奘在同一年返回長安。後來太宗又以王玄策為正使，率領著三十餘人的使節團再度訪印。使團臨走前，太宗還請玄奘把使節團所攜帶的太宗敕書翻譯成梵文。此外，玄奘還將《道德經》翻譯成了梵文托使節團帶走，那是鳩摩羅王曾通過第一次的使節團要求的。
貞觀二十一年（公元647年）王玄策等人到達印度，戒日王已經去世，應驗了玄奘當年夢中的預言。
玄奘在第二年譯完了百卷的《瑜伽師地論》，完成了這部他最重視的著作，使他感到特別安慰。六月，太宗在離長安東北六百多裏的玉華宮接見了玄奘。他仍然不放棄勸玄奘還俗，還建議他脫下袈裟，以在家修行的居士參與國政，也可在朝廷講經弘法。玄奘為了斷絕太宗的這個念頭，說了一段很長的話來表明自己事佛的決心，玄奘說：“漢武帝以後沒有再出現製伏匈奴等北方遊牧民族的時代，而漢武帝以後中國仍有無數賢臣良將出現，為什麽他們無法輔佐國君平定北方?陛下登基後，遠征匈奴，使各遊牧民族俯首稱臣，可見並非歸功於賢臣，而要歸因於陛下的智慧和天的旨意。”玄奘又進一步指出，即使現在為了治國而需要吸收人才，像商朝的伊尹、周朝的薑太公那種人才已多得是，也不在乎少他一個和尚。最後玄奘又說：“我隻願弘揚佛法，請勿剝奪我的誌節！”聽了玄奘擲地有聲的說辭，太宗無言以對，終於答應今後不會勉強他，並盡力協助完成他的心願。