北京在明朝曆史上經受住了這樣兩次考驗。由此可以說明明成祖遷都北京是必要的和正確的，無論從軍事上和政治上來說，他都做對了。
但是，僅僅隻把政治、軍事中心建立在北京還是不夠的。當時東邊從遼東起，西邊到嘉峪關止，敵人從任何地方都可以進來。當然，從山海關往西有一道萬裏長城。可是城牆是死的，沒有人守還是不能起作用。所以，必須要在適當的軍事要點布置強大的軍事力量。因此，明朝政府在北方沿邊一線設立了所謂“九邊”。“九邊”是逐步發展起來的。開始隻建立了四個鎮，即遼東、宣府、大同、延綏。跟著又增加了三個鎮：寧夏、甘肅、薊州。以後又加上太原、固原二鎮。這九個軍事要塞，在明朝合稱“九邊”，是專門對付蒙古族的。每一個軍事中心都有很多軍隊，譬如明朝後期，光在薊州這個地方就有十多萬軍隊。
九邊有大量的軍隊，北京也有大量的軍隊。這些軍隊吃什麽呢？光依靠河北、山東、山西這幾個地區的糧食是不夠供應的，必須要從南邊運糧食來。要運糧食，就要有一條運輸線。當時沒有公路、鐵路，隻能通過運河水運，把東南地區的糧食集中在南京，通過運河北上。一年要運三四百萬石糧食來北京養活這些人。所以運河在當時是一條經濟命脈。這種運輸方法，當時叫做漕運。為了保護這條運輸線的安全，明朝政府專門建立一個機構，派了十幾萬軍隊保護運河沿線。明朝是如此，清朝也是如此。
把軍事、政治中心放在北京，北方的問題解決了。可是發生了另外一個問題：南方發生了事情怎麽辦？於是就把南京改為陪都。陪都也和首都一樣，除了沒有皇帝之外，其他各種組織機構，北京有一套，南京也有一套。北京有六部，南京也有六部。因為南京沒有皇帝，便派一個皇帝親信的人做守備。當時的大學叫國子監，國子監也有兩個：一個叫“北監”，一個叫“南監”。北監在北京，就在孔廟的旁邊。北監、南監都刻了很多書，叫北監本和南監本。當然，陪都和首都也有區別，首都的六部（吏、戶、禮、兵、刑、工，六部的部長叫尚書，副部長叫侍郎）有實權，而陪都的六部沒有實權。所有的事情都集中在首都辦。南京的這些官清閑得很，沒有什麽事情可做。這些人大都是些政治上不得誌的人，在北京站不住腳，有的年紀大了，做不了什麽事，就要他到南京去做一個閑官，有飯吃，有地位，可是沒有什麽事情可做。我們研究這個時代的曆史要了解這一點。那麽，他在南方搞一套機構的目的是什麽呢？第一，以南京為中心來保護運河交通線；第二，以南京為中心，加強對南方人民的統治。南方各個地區發生了人民的反抗鬥爭，就可以就近處理、鎮壓。