樞密院，秩從一品，掌天下兵甲機密之務。凡宮禁宿衛，邊庭軍翼，征討戍守，簡閱差遣，舉功轉官，節製調度，無不由之。世祖中統四年，置樞密副使二員，僉書樞密事一員。至元七年，置同知樞密院事一員，院判一員。二十八年，始置知院一員，增院判一員，又以中書平章商量院事。大德十年，增置知院二員，同知五員，副樞五員，僉院五員，同僉三員，院判二員。至大三年，知院七員，同知二員，副樞二員，僉院一員，同僉一員，院判二員，革去議事平章。延祐四年，以分鎮北邊，增知院一員。五年，增同知一員。後定置知院六員，從一品；同知四員，正二品；副樞二員，從二品；僉院二員，正三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；參議二員，正五品；經曆二員，從五品；都事四員，正七品；承發兼照磨二員，正八品；架閣庫管勾一員，正九品；同管勾一員，從九品；掾史二十四人，譯史一十四人，通事三人，司印二人，宣使一十九人，銓寫二人，蒙古書寫二人，典吏一十七人，院醫二人。
客省使，秩從五品。大使二員，副使二員。至元十四年，置大使一員。十六年，增一員。二十一年，置副使一員。延祐五年，增一員。天曆元年，又增一員。
尋定置大使二員，從五品；副使二員，從六品；令史二人。
斷事官，秩正三品，掌處決軍府之獄訟。至元元年，始置斷事官二員。八年，增二員。十九年，又增一員。二十年，又增二員。大德十一年，又增四員。皇慶元年，省二員。後定置斷事官八員，正三品；經曆一員，從七品；令史六人，譯史一人，通事、知印、奏差、典吏各一人。
行樞密院。國初有征伐之事，則置行樞密院。大征伐，則止曰行院。為一方一事而設，則稱某處行樞密院，或與行省代設，事已則罷。