○南京宗人府吏部戶部附總督糧儲禮部兵部刑部工部都察院附提督操江通政司大理寺詹事府翰林院國子監太常寺光祿寺太仆寺鴻臚寺尚寶司六科行人司欽天監太醫院五城兵馬司應天府附上元江寧二縣已上南京官王府長史司布政司按察司各道行太仆寺苑馬寺都轉運鹽使司鹽課提舉司市舶提舉司茶馬司府州縣儒學巡檢司驛稅課司倉庫織染局河泊所（附閘壩官）批驗所遞運所鐵冶所醫學陰陽學僧綱司道紀司
南京宗人府。經曆司，經曆一人。（南京官品秩，俱同北京。）
吏部。尚書一人，右侍郎一人。（六部侍郎，至弘治後始專設右。萬曆三年俱革。十一年複設。天啟中，每部增侍郎一人。崇禎間革。）其屬，司務廳，司務一人。文選、考功、驗封、稽勳四清吏司，各郎中一人，主事一人。（驗封、稽勳二司主事，後並革。）凡南京官，六年考察，考功掌之，不由北吏部。
戶部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人，照磨一人。十三司，郎中十三人，員外郎九人，（浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、福建、山西、陝西、雲南九司各一人，嘉靖三十七年，革山西、陝西三司員外郎各一人，隆慶中又革廣西、雲南二司員外郎各一人。）主事十七人，（山西、廣東、廣西、雲南四司各二人，隆慶三年革廣東司主事一人。）所轄，寶鈔提舉司，提舉一人。廣積庫、承運庫、贓罰庫、甲乙丙丁戊五字庫、寶鈔廣惠庫、軍儲倉，各大使一人。長安門倉、東安門倉、西安門倉、北安門倉各副使一人。龍江鹽倉檢校批驗所，大使一人。（隆慶三年，革寶鈔司提舉、軍儲倉大使。）
總督糧儲一人。（嘉靖以前，特設都禦史。二十六年革，以戶部右侍郎加都禦史銜領之。）
禮部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人。儀製、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。儀製、祠祭二司，各主事一人。所轄，鑄印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司樂各一人。