三法司曰刑部、都察院、大理寺。刑部受天下刑名，都察院糾察，大理寺駁正。太祖嚐曰：“凡有大獄，當麵訊，防構陷鍛煉之弊。”故其時重案多親鞫，不委法司。洪武十四年，命刑部聽兩造之詞，議定入奏。既奏，錄所下旨，送四輔官、諫院官、給事中覆核無異，然後覆奏行之。有疑獄，則四輔官封駁之。逾年，四輔官罷，乃命議獄者一歸於三法司。十六年，命刑部尚書開濟等，議定五六日旬時三審五覆之法。十七年，建三法司於太平門外鍾山之陰，命之曰貫城。
下敕言：“貫索七星如貫珠，環而成象名天牢。中虛則刑平，官無邪私，故獄無囚人；貫內空中有星或數枚者即刑繁，刑官非其人；有星而明，為貴人無罪而獄。
今法天道置法司，爾諸司其各慎乃事，法天道行之，令貫索中虛，庶不負朕肇建之意。”又諭法司官：“布政、按察司所擬刑名，其間人命重獄，具奏轉達刑部、都察院參考，大理寺詳擬。著為令。”
刑部有十三清吏司，治各布政司刑名，而陵衛、王府、公侯伯府、在京諸曹及兩京州郡，亦分隸之。按察名提刑，蓋在外之法司也，參以副使、僉事，分治各府縣事。京師自笞以上罪，悉由部議。洪武初決獄，笞五十者縣決之，杖八十者州決之，一百者府決之，徒以上具獄送行省，移駁繁而賄賂行。乃命中書省禦史台詳讞，改月報為季報，以季報之數，類為歲報。凡府州縣輕重獄囚，依律決斷。違枉者，禦史、按察司糾劾。至二十六年定製，布政司及直隸府州縣，笞杖就決；徒流、遷徙、充軍、雜犯死罪解部，審錄行下，具死囚所坐罪名上部詳議如律者，大理寺擬覆平允，監收侯決。其決不待時重囚，報可，即奏遣官往決之。
情詞不明或失出入者，大理寺駁回改正，再問駁至三，改擬不當，將當該官吏奏問，謂之照駁。若亭疑讞決，而囚有番異，則改調隔別衙門問擬。二次番異不服，則具奏，會九卿鞫之，謂之圓審。至三四訊不服，而後請旨決焉。