對蔣介石來說，章太炎屬於“國父”那一輩的長者，所以當蔣介石的南京國民政府成立後，雖然虛張聲勢下令通緝章太炎，下令查抄章太炎家的“逆產”，但畢竟新政權在政治理念上，在反共、反蘇俄等一係列政治問題上有著相當的一致性或相似性，因而新政權並沒有給章太炎帶來更多的麻煩，理由是章太炎畢竟曾與孫中山一起奔走革命，推翻滿清，在中華革命史上擁有相當地位。況且章太炎年齡已經很大了，新政權如果執意和一個革命元老過不去，姿態和心胸還不如袁世凱，那也太說不過去了，所以盡管章太炎大罵蔣介石，但蔣介石不把這些事情看得太重，更不會真的“緝拿”章太炎。
蔣介石新政權沒有過多地找章太炎的麻煩，但章太炎依然對新政權不滿意。他不是對蔣介石反共、剿共、反蘇、鎮壓革命不滿意，而是不滿意蔣介石背叛了自興中會、光複會、同盟會以來的民主共和傳統。所謂以黨治國，其實就是一個充滿暴力充滿邪惡的強勢政權。特別是南京國民政府以青天白日滿地紅的旗幟，取代了民國建立以來一直在使用的五色旗。這在章太炎看來，就是背叛民國。章太炎憤怒地問道，如果連五色旗都能換掉，那麽當年還有什麽必要去反對袁世凱的帝製複辟？袁世凱的帝製複辟，不過是叛國，還沒有多少為非作歹，禍害百姓的事情。現在可是不一樣了，建立在南京的國民黨新軍閥政權簡直就是一個禍害，暴斂害民，邪說亂俗，在某種意義上比袁世凱的帝製複辟還要壞。也正是從這個意義上說，章太炎認為民國已不複存在，所以他章炳麟目前還苟活在這個世界上，不過是“民國遺老”、“民國遺民”或現代社會的“文化逸民”而已。
章太炎自袁世凱之後始終堅信統一不如分治，在南北兩個政權存在的時候，知識界在言論上還有著相當大的自由空間。現在不行了，國民黨的一黨獨裁將言論空間大幅壓縮，任何有害於一黨獨裁的言論都受到不同程度的迫害。章太炎在沉寂了一段時間後，痼疾難改，不批評政治、不議論政治他似乎就覺得自己沒有存在的價值了，所以他在那沉悶的日子裏不僅借為唐繼堯、黎元洪、梁啟超、蔣智由等舊友書寫挽聯、悼詞抒發對現實政治的不滿，對政治倒退的失望，而且瞅準機會利用一切可能的場所，批評國民黨是一黨獨裁，以黨治國。