在與北方軍閥周旋的同時，章太炎也與南方政治勢力保持著各種各樣的聯係，並時常因為各種各樣的原因發生衝突。
陳炯明叛變，孫中山被迫回到上海時，章太炎並沒有對孫中山給予適度同情，反而批評孫中山。及至孫嶽代表曹錕前往上海與孫中山和國民黨聯係，更是受到章太炎的怒斥。章太炎不僅大罵孫嶽，順帶連著孫中山一起批評，認為孫中山失意廣東就與北方軍閥勾勾搭搭，甚至想借助北洋勢力弄個總統當當，太不鎮定，有失操守。
其實，章太炎根本不知道孫中山此時的思想變化，不知道孫中山那段時間真正在做的事情是什麽。所以，孫中山的政治追隨者對章太炎的批評嚴加駁斥，認為章太炎的言論不近情理，向壁虛造。孫中山的追隨者認為章太炎對孫中山的攻擊，主要是出於維護黎元洪的需要，擔心孫中山、曹錕、吳佩孚聯手推翻黎元洪。
章太炎的認識當然是不對的。孫中山此時的思想正在發生巨大變化，他在蘇聯代表和中國共產黨人的影響下，開始考慮國共合作，試圖用一種全新的手段推動政治改革。這是章太炎根本不知道、也根本無法理解的。1923年初，中國國民黨在上海召開了大會，大幅度調整內外政策，革命形勢日趨好轉。2月15日，孫中山又返回廣東重建大本營，就任大元帥職務，中國的政治格局隨之發生重大變化。
對於國民黨方麵的這些變化，章太炎好像處於樂觀其成的立場。因為當他得知北京政府有意下令否認孫中山稱大元帥的消息後，迅即致電李根源，認為此事徒挑釁隙，怨歸當局，利歸他人，他請李根源想辦法讓政府打消這個念頭。
章太炎當然不能同意孫中山對地方自治和聯省自治的反對，但在許多大的政治關節上，他們在許多時候也有相同或相近的立場。1923年4月，北方政府準備以和平統一為理由挑撥南方各省關係，使西南各省人人自危。凡此，在使西南各省凜於非內部團結不足以圖存，於是粵、湘、滇、川、黔等省駐滬代表，乃有西南重新團結之動議，章太炎也從中斡旋甚力。協議既成，乃推章太炎起草通電，草成以原電寄示孫中山，一麵由各省代表請示本省當局。後各當局複電均表示讚成，唯孫中山首次複電，尚持猶豫，不知各省當局是否出於真誠。當由各省代表聯名複電給予肯定答複，孫中山乃複電讚成。章太炎與孫中山因反對北洋的共同目標又走到一起了。他們在這份通電中表示，自今以後，我西南各省決以誠相見，共議圖存，棄前事之小嫌，開新元之結合，分災恤患，載之書簡，外間內讒，一切勿受，兵為防守，不為爭權，雖折衝疆場，為義興師，而終不背和平主旨。