聯省自治是章太炎1920年前後那個時期堅定不移的政治目標，他的這個目標就是要將權力重心下移，使省級政權實體化，如果用一個並非完全恰當的比喻，大約有點兒類似於美國的聯邦政治架構，能夠下放到各州的權力一定不要收歸中央，一定要使中央政府虛置、空洞，不再對那些政治強人有吸引力。所以當黎元洪複職後，章太炎沒有前往北京充當大總統的王者師，反而利用與黎元洪的特殊關係，要求黎元洪不要向南方用兵，不要影響南方各省的自治和聯省自治，而且要求北方政府將沿江各省駐防軍主動撤回，聽任南方各省自為自治。批評北方軍事強人吳佩孚雄心未已，總是期待以武力征服南方，統一中國，力勸吳佩孚放棄這種不切實際的幻想，從速戢兵，還給各省人民自由選擇的權力。
吳佩孚在請出黎元洪、辭退徐世昌之後，也期待能夠使中國政治走上一條良性發展的道路，隻是他的這條道路與章太炎的期待不一樣。吳佩孚認為，聯省自治為豪強割據，並非中國發展方向；廢督裁兵確實是應該的，但必須在南北統一之後方可進行。凡此種種，均與章太炎的政治理念直接衝突。
1922年8月1日，直係軍閥控製的舊國會在北京召集會議，宜布中國恢複秩序擬從製憲開始。緊接著，北京國會召集第一次憲法審議會。對於北京政府的政治選擇和製憲活動，章太炎表示反對，他認為如果從民國法統層麵說，北京國會其實是一個不合法的機構，並沒有權力去製定憲法。8月10口，章太炎致電西南六省，要求各省一致否認北方的這個國會，因為倡亂凶人，蟠踞國會，全體徇庇，同入亂流，以六省汗血之勞，為亂黨弄權之地。宜一致將該國會合法性予以否認，使其所製定的法律、從事的選舉歸於無效，以儆奸宄而莫國常。