南京臨時政府的難處，當然不是章太炎所能理解的，不過他提出的這些問題也確實是個問題。南京臨時政府不可能長期存在下去，這一點在章太炎確實有了明確判斷，他不願接受孫中山的聘任，其根本原因或許就在這裏。
章太炎不看好南京臨時政府，並不是出於感情方麵的原因，也不是因為他與革命黨人過去的矛盾，而是因為他在當時所接觸的人，所獲得的信息，都使他確認中國的未來和希望不是孫中山，而是袁世凱。
袁世凱是清末民初政治舞台上最具影響力的人物，三年前因故被開缺回籍，由於那個時候正值光緒帝和慈禧太後在一天之內相繼大行，又由於接替兩宮主持朝政的是光緒帝的弟弟攝政王載灃，特別是因為1898年政治逆轉時告密不告密的傳聞一直紛紛揚揚，袁世凱在故裏隱居的三年中一直帶有相當神秘的色彩，誰也搞不懂這個正值盛年的老政治家在下野的日子裏在想著什麽。
清末民初政治舞台上最具影響力的人物袁世凱
悠閑的退隱生活肯定沒有阻止住袁世凱的思考，政治上的敏感性使他對朝廷中所發生的一切事情都了如指掌。所以當武昌起義爆發後，袁世凱的判斷和抉擇一環扣一環，在後人看來簡直就是設計得天衣無縫，滴水不漏。
10月14日，朝廷緊急征調賦閑休養的袁世凱出任湖廣總督，節製該省軍隊及各路援軍。袁世凱在幾度請辭後還是接受了朝廷的征調。21日，袁世凱開始調兵布將，至10月下旬，馮國璋的第一軍和段祺瑞的第二軍都相繼抵達武昌前線，與黎元洪、黃興統領的武昌義軍隔江相望。如果袁世凱此時痛下決心，清軍完全有可能踏平武昌三鎮，恢複秩序。
問題在於，武昌起義爆發後不過一個星期，列強就宣布民軍為交戰團，各國嚴守中立。這個嚴守中立實際上將清政府推到一個非常尷尬的境地，原本可以作為叛軍、會匪進行剿滅的，現在已經不能像過去那樣為所欲為。而且，由於列強的態度發生如此變化，實際上又鼓勵了各省仿效武昌起義，相繼宜布獨立，宣布光複。