1906年6月29日，章太炎三年刑期屆滿。一大早，一大批章太炎熟悉和不熟悉的舊雨新朋蔡元培、於右任、朱少屏、柳亞子、劉道一、張默君、熊克武、但懋辛、劉師培、葉瀚、蔣維喬，還有接受孫中山委派，專門從日本東京趕來的同盟會代表龔練百、仇式匡、時功玖、胡國梁等，集聚在河南路工部局門前等候章太炎出獄。
長期在上海從事革命宣傳活動的同盟會會員於右任
10時許，章太炎走出牢門，諸位等候者鼓掌歡迎，遂由葉瀚陪同乘坐馬車至租界外巴子路中國公學。
按照會審公廨當年的判決，章太炎出獄後三天內必須離開租界。由於章太炎所犯是反政府罪，因此很多朋友擔心他這樣離開租界，是否會被清政府二次逮捕。中國公學的諸位朋友擔心清政府加害於章太炎，於是勸他還是早點離開上海。
基於這種擔心，章太炎在當天晚上便用同盟會預先購買的車票登上日本輪船，漂洋過海，其實是被清政府和租界驅逐出境。
對於章太炎來說，一年前成立的同盟會是一個全新的組織，主要領袖有孫中山、黃興、宋教仁，包容的團體則有黃興、宋教仁、陳天華的華興會，孫中山、胡漢民、汪精衛的興中會，以及陶成章、章太炎、蔡元培、秋瑾的光複會等多個排滿革命組織。同盟會的政綱就是孫中山提出的“驅除韃虜，恢複中華，創立民國，平均地權”；同盟會的機關報原為華興會的刊物《二十世紀之支那》，後更名為《民報》。此次同盟會將章太炎從上海請來，就是專門請他主持《民報》筆政的。
剛到東京，章太炎就住在《民報》編輯部中。7月6日，與宋教仁在孫毓筠家中會晤。第二天，在孫毓筠的介紹下，由孫中山主盟，加入同盟會，並被委任為同盟會機關報《民報》的編輯人和發行人。