在康有為、梁啟超的影響下，或許還有章太炎自己確實動了惻隱之心，他對清廷發自內心覺得值得愛護值得支持，他的客帝論其實就是要阻止推翻清廷的革命在中國發生，所以他在1898年之後很長一段時間並沒有走上革命的道路，他的政治理想依然是扶持清廷特別是扶持光緒小皇帝，反對慈禧太後濫權專製，幫助光緒帝進行政治變革，因而他那個時間段的政治語言其實就是康、梁式的政治改良主義。
當時、與章太炎有舊的錢恂受張之洞委派，出任湖北留日學生監督；梁啟超也來到日本橫濱創辦了《清議報》。章太炎在與他們取得聯係後，他們都熱情邀請章太炎赴日。
1899年6月10日，章太炎離開台灣轉赴日本。他先後寄寓在橫濱的《清議報》館及東京的錢恂官邸。
通過對梁啟超相處數日的正麵觀察，章太炎摒棄前嫌，認為梁啟超在經過1898年政治大逆轉之後，變得更加沉穩，更加堅貞，簡直就像鬆柏之遇霜雪，經此考驗，有了很大長進，今日之深沉，迥異乎前口。章太炎將這些意思寫信告訴汪康年，勸汪康年當維新陣營如此困難曲折的低潮期，接受梁啟超的道歉吧，冰釋前嫌吧。
在日本，章太炎還因梁啟超的引見，與孫中山相識。此時梁啟超正在設法與孫中山合作，結成反體製聯盟，而孫中山好像也覺得康、梁是一股可以利用的政治力量，有意合作。章太炎在與孫中山暢談政治理念，治國方略，尤其在談到中國土地問題，兩人在基本問題上有交集有爭論，也有相同或相近的認識。章太炎向孫中山談及自己對土地問題的看法，對於三代之井田，王莽之王田與禁奴，王安石之青苗，洪秀全之公倉，均在討論之列。孫中山表示他最服膺美國人亨利佐治的單稅論，以為這種土地公有的理論可能有助於中國社會問題的根本解決。在談到政治變革時，孫中山認為，1898年之後中國的政治改革陷人了僵持，要想打破這種僵持，就必須有外力推動或破局。在目前情形下，不瓜分不足以談恢複，如果有一場來自外部的流血衝突，這種僵持或許能夠終結。