章太炎確實不是有意反體製，他那麽熱心為李鴻章出招，那麽高興前往武昌去主編《正學報》，都表明他對既有體製還抱有信心。然而，當他一再失意，一再不能得誌後，繼續指望章太炎對體製忠誠，似乎也就沒有道理了。章太炎開始反省這個體製的問題了，於是一個原本善良的體製擁護者、認同者竟然被一步一步地推向體製反叛者。
反體製的思想在章太炎的腦海裏或許已有一段時間了，但這還不是其思想的主體或主導，他回到上海之後，曾經將途中寫的那首具有反叛思想的《艾如張》抄給他的朋友看，但他個人還是依然前往張之洞作後台老板的《昌言報》任主筆。
按照張之洞的構想，《昌言報》是因為與康有為、梁啟超等人鬧氣而由汪康年辦起來的，其政治理念當然還是支持朝廷的政治變革。然而這場轟轟烈烈的政治變革到了1898年秋天卻戛然而止，原因據說是因為康有為對和平的變革遲遲推展不起來有點兒不滿，於是策動袁世凱的部隊和兩湖英雄豪傑用暴力手段劫持慈禧太後，迫使皇太後將政權還給康有為認定的英主光緒帝。
當然，康有為的武裝暴動隻是一個計劃，但這個計劃卻陰差陽錯給泄露出去了。於是，譚嗣同等六君子被殺，康有為、梁啟超師徒潛逃海外，中國政治發生大逆轉，章太炎和他所在的這個《昌言報》也受到某種程度的牽連。
在1898年政治變革中，章太炎確實還算不上什麽角色，他名義上是《昌言報》的主筆，其實並沒有發揮多大作用。他在上海的那些日子，主要還是與幾個老朋友諸如孫寶瑄、宋恕等人來往，喝喝小酒，聊聊天，議論一下北京的政局和政治改革的進展。他對《昌言報》的貢獻，是從第一冊開始連載《斯賓塞爾文集》，這是由曾廣銓口譯，章太炎整理潤色的。