終於要離開上海了。
也許是蘇傑生對兒子的前程早有安排，也或許是蘇曼殊再也無法忍受在上海的困頓生活而執意要求回日本探母。1898年，在黃浦江柳枝轉青、二分春色來臨之際，蘇曼殊隨表兄東渡日本前往他的出生地橫濱。
橫濱，蘇家在日本的發跡之地，也是蘇曼殊六歲前生活過的地方。如今，他又回到了這個地方。不過，物是人非，曾經的蘇家大宅早已敗落，而現在的新主人則是當年蘇傑生帶到日本學習經商的林紫垣。林紫垣本是林北泉之侄，蘇曼殊稱其為表兄。林在日本生意做得很大，家境尚好，正是這個緣故，蘇曼殊到橫濱後就寄住在林家，並由林紫垣提供其在橫濱大同學校的學費。
大同學校的權力爭奪
讓蘇曼殊到日本留學應該是蘇傑生為兒子所做的為數不多的安排之一。或許是看到兒子無意經商，或許是蘇傑生因為父子間多年隔膜，對這個混血的兒子心存愧疚，蘇傑生將他送到大同學校中接受中西合璧式的新教育。
何謂“中西合璧”式的新教育？
這得從大同學校的創立說起。1897年，橫濱僑商領袖馮鏡如（馮自由之父，興中會東京支部負責人）等因在日華僑子弟就學問題集會，大家決議創辦學校，並公請興中會推薦校長人選。興中會會員陳少白推薦了當時在上海辦報的梁啟超，不過，當時熱衷政務及變法的康有為並不同意，而是推薦了自己的弟子徐勤擔任此職。
陳少白等本來已經擬定校名為“中西學校”，但康有為將之改為“大同學校”，大同一詞出自《禮運》篇，取其“天下為公”的理想社會的寓意。這一觀念，隨後也被以孫中山為首的革命派采納。
不過，兩派的分歧與矛盾其實已經開始了。
不僅是改校名，康有為還親自為該校書寫匾額、條幅和楹聯，並同時委派弟子林默庵、陳蔭農、湯覺頓前往該校主持中文教習。