胡漢民在臨時總統府時期，統籌秘書班子，文件大小他都要過目，四麵八方全來求見孫中山先生的他都要先行見麵接待，他就睡在孫先生寢室的外間，每天晚上梳理白天的重要事件報告孫先生。孫中山助手中，如陳其美、胡漢民等也算是某種意義上的幕僚。
他的秘書——整個大秘書班子有庶務長沈某自稱內務大臣，招搖於外，強征民間的車馬，胡漢民就讓江蘇都督將他拘捕。沈某的繼任者就是應夔丞，他還兼任衛隊長，飛揚跋扈，胡漢民也將其抓捕，並欲殺之，被孫中山製止，隻是解除其職務。當時的參議院中，同盟會議員籍占大半，執著於三權分立之說，好持異議。譬如有些人說，定都南京那麽遠怎麽控製東北呀，不等於放棄嗎？此類言論以章太炎、宋教仁為代表。當時南京如開追悼陣亡烈士大會，章太炎居然撰寫對聯諷刺：群盜鼠竊狗偷，死者當不瞑目；此地龍蟠虎踞，古人畢竟虛言。胡漢民認為這是公開的反革命言論。
有一天，安徽都督孫毓筠派專人來求濟於政府，孫中山先生批給20萬元，胡漢民馬上到財政部撥款，可當時的金庫裏麵隻有10個大洋。當時戰火紛飛，臨時總統府的行政令不出都門半步，政府各部亦僅備員名義而矣。可見當時作為秘書的也真是困難重重。
另外一件事情，則特別顯露了秘書班子個人性格的製約，胡漢民說，提倡樸素、簡易的民風。當時要地北方將士出文告，由總統府秘書雷鐵厓撰稿。胡漢民認為他用詞艱深，就說，這個是要讓普通士兵都能看得懂的，就像棉被、稻穀一樣是非常普通的東西，而不能是罕見的山珍海味。就否定了他的文稿，讓另一個秘書任鴻雋重擬。雷鐵厓非常憤怒，拂袖而去，並有詩句說，十年革命黨，三日秘書官。胡漢民認為這是名士氣太重，很難做好行政工作。