福建、兩廣平定後，南部除四川、雲南以外，都已統一，打成一片。大後方的人力和財力供給北伐軍以無限的助力北伐軍在出發前，元璋和劉基等籌定了作戰的計劃後，又和諸將縝密研究。常遇春提出意見，以為南方已定，兵力有餘，如直搗元都，以我百戰之師，敵彼久逸之卒，其可必勝。都城既克，乘勝長驅，以建瓴之勢，餘地可不戰而下。元璋的作戰計劃恰好相反，他指出直攻大都的危險性，以為元建都近百年，城守必固，如懸師深入，頓於堅城之下，饋餉不繼，援兵四集，進退不可，非我之利。不如先取山東，撤其屏蔽，旋師河南，斷其羽翼，拔潼關而守之，據其戶檻，天下形勢入我掌握。而後進兵元都，則彼勢孤援絕，不戰可克。然後鼓行而西，雲中、九原以及關、隴，可席卷而下。常遇春還是抱持著前次直攻平江的見解，以為巢穴根本一下，支幹自然迎刃而解。他卻沒顧慮到孤軍深入，後方的交通線如何保持，萬一被敵人截斷，兵員和糧食的補充便陷絕境。奇兵突擊，固然可以僥幸取勝，卻非萬全之計。元璋的計劃卻是穩紮穩打，立於不敗之地，步步擴大，占領地和後方連成一體。諸將都同聲說好。
北伐軍的統帥機構，也經嚴密組織。在平陳友諒以前，諸將都直屬元璋，不相統率。九華山之役，常遇春坑殺漢降卒，徐達不能止，始以達為大將，盡護諸將。至是以達持重有紀律，戰勝攻取，得為將之體，以為征虜大將軍，統率全軍。常遇春當百萬之眾，勇敢先登，摧鋒陷陣，所向披靡，以為副將軍。又擔心遇春健鬥輕敵，複諄諄告誡，如遇大敵當前，以遇春領前鋒，和參將馮勝分左右翼各將精銳進擊。右丞薛顯、參政傅友德勇冠諸軍，使獨當一麵。達則專主中軍，策勵群帥，運籌決勝，不可輕動。又複申嚴紀律，告諭將士，以這一次北伐，目的不在攻城略地，而在平削禍亂，解救生民疾苦，凡遇敵則戰，所經地方和攻破城邑，勿妄殺人，勿奪民財，勿毀民居，勿廢農具，勿殺耕牛，勿掠人子女，如有遺棄孤幼在營，父母親戚來求，即時付還。