一九四四年八月四日，全副武裝的德國警察隨同荷蘭納粹一起對辦公室進行了一次突襲，密室中所有人都被捕了。九月三日，密室裏所有猶太犯人都被裝在貨車裏押往奧斯威辛。
在突襲中，警察毀了整個密室。幾天後，一名辦公室勤雜人員在密室地上一堆舊報紙裏發現了幾本包括安妮日記在內的筆記本，便將其交給了梅普·吉斯（二零一零年一月十一日這位《安妮日記》手稿搶救者因病去世，享年一百歲）。一九四五年戰爭結束後，梅普·吉斯將日記交給了密室唯一幸存者：奧托·弗蘭克。
凡·達恩被送進了毒氣室；奧托·弗蘭克在集中營待到一九四五年一月二十七日被蘇聯軍隊解救；彼得·凡·達恩隨大約一萬一千名集中營的其他囚犯被德國人向西疏散——從此杳無音訊；安妮的媽媽弗蘭克夫人死於一月五日，而瑪格特和安妮在媽媽死亡之前兩個月被送往德國的柏根——貝爾鬆。在那裏，安妮展示了勇敢和剛毅的品質，這些品質使她在奧斯威辛與眾不同。一九四五年二月，姐妹倆先後得了斑疹傷寒。一天，一直躺在安妮上鋪的瑪格特想要起身，突然失手摔在地上，虛弱和驚悸奪走了她的性命。姐姐的死給安妮帶來了以往一切苦難都不曾產生過的打擊，她的意誌被徹底摧垮了。幾天後，她就死了。
安妮日記被搶救出來後，於一九四七年在鹿特丹首次出版發行，後被譯成了六十多個語種。與此同時，安妮的事跡還被拍成了電影——《The Diary of Anne Frank》(安妮日記)，全球發行。
阿姆斯特丹市中心——這個猶太小女孩安妮·弗蘭克和她的家人藏身的那個密室現被稱為——安妮之家(Anne Frank House)，每年都有超過五十萬的遊客前去參觀。