正當沈葆楨全力以赴造船強軍，希冀為病弱的大清帝國快快生肌長肉、補氣壯骨之時，列強也加快了對中國的挑釁蠶食。
與馬尾一水之隔的台灣，曆經荷蘭人侵占、鄭成功收複，後又回歸祖國。島上隻有薄弱的清兵守備，管理鬆散。日本早就對台灣垂涎三尺，日本是一個島國，其傳統文化中的海盜基因、擴張本性難改。無時不在尋機挑釁，總想咬鄰居一口。
一八七一年冬，時屬中國藩國的琉球派六十九人往廣東中山府納貢，返途遇風暴漂至台灣，淹死三人，餘六十六人誤入當地高山族的一支“牡丹社”住地。時高山族還未開化，有殺人取頭之習，多者愈受尊敬，推為酋長。又有五十四人被追殺，餘十二人被知縣保護，送至省城福州。修養一段時間後，送回琉球。此事與日本毫無幹係，一八七三年日派員到華交換通商條約，借機質詢兩年前的殺人之事。中方答：“台、琉二島皆屬我土。殺人之事，裁決在我，與貴國何幹？”但日人已鐵心要侵台，繼續在做文章。一八七四年三月，日照會清政府：“前年冬，我國人漂流其地，被殺戮者數十名，我政府將出師問罪。”這種強找借口，占你一地，甚至滅你一國，向來是帝國主義的本性。就像一條狼對一隻羊說：“你的鄰居吃了我窩邊的一棵草，所以我要吃掉你。” 即使沒有借口，它也可以隨便製造一個。一九三七年的盧溝橋事變，就是日軍假說他在訓練中走失一個士兵，要強入宛平城尋人，接著就開槍開炮，占北京，占華北。
一八七四年四月，日本判斷清政府不敢抵抗，正式宣布組織遠征軍侵台。五月十七日日軍三千五百人在台灣南部登陸。清政府反應遲鈍，到五月底才連忙下旨：“沈葆楨著授為欽差，辦理台灣等處海防兼理各國事務大臣。” 沈接任後提出，一邊辦外交，以理屈敵；一邊“儲利器”積極戰備。要求速購兩艘鐵甲艦，並召回馬尾船廠經年所造的，已在天津、山東、浙江、廣東等沿海服役的各艦備用。又建議速鋪廈門到台灣的海底電纜，以通軍情。他擺出決戰之勢，以震懾日本之野心。隨後沈於六月十九日到達台灣，坐鎮指揮。而這時日軍已控製了台南的地盤。所到之處一如後來侵華時的三光政策，到處**燒殺。日人之本性原本如此，國策以侵略為本，治軍以獸性為綱，育人用武士道精神。我高山族同胞一麵以原始刀矛奮起抵抗，一麵請求沈葆楨保護，願協同官軍一致抗日。