在華生還沒有趕到部隊以前,第二次阿富汗戰役就爆發了。1880年春,他被派往印度。到達孟買後,他聽說自己的部隊“已經穿過要隘,進入了敵人的腹地”。在坎大哈(現在因其是塔利班從前的據點而聞名)——當年7月被英軍占領——他加入了自己的團。他在團裏的任務很簡單;很快他被調到伯克郡旅(第66步兵旅)並加入戰鬥——即邁旺德戰鬥,在那場戰鬥中伯克郡旅因其英勇抵抗而獲得榮譽。在看到同伴“被撕成碎片”之後,華生左肩被一顆捷則爾槍彈擊傷,打碎了肩骨,擦傷了鎖骨下麵的動脈。他的勤務兵默裏顯示出了忠誠和勇猛,把他扔到一匹馱馬的背上,安全地帶回英國陣地來,使得華生免於落入“凶殘的嘎吉人”之手。
華生在白沙瓦的後方醫院逐漸康複,可又不幸的染上幾乎致命的傷寒病。病愈之後,他退伍回到英國,那是1880年末或者1881年初。他在英國無親無友,住在斯特蘭德街上一家旅館裏,依靠11先令6便士一天的傷員撫恤金勉強度日。他以前的一位助手小斯坦弗把他介紹給一位在尋找同住房客的朋友,華生的生活就此改變:
“這位是華生醫生,這位是歇洛克·福爾摩斯先生。”
“您好,”福爾摩斯熱情地說,“我看得出來,您到過阿富汗。”
華生和歇洛克·福爾摩斯同住一室,1881年3月他隨同伴調查了一樁案件。案子結束的時候,華生向福爾摩斯說了一句事關重大的話:“真是妙極了!……應該讓大家都知道你的這些本領。你應當發表一篇關於這個案件的報告。如果你不願意的話,我來替你寫。”
“你願意怎麽辦就怎麽辦吧,醫生,”他回答說。
華生確實這樣做了,盡管直到1887年他才安排出版“陸軍軍醫部醫學博士約翰·H.華生回憶錄”,很明顯得到了阿瑟·柯南·道爾的幫助,書的名字是《血字的研究》。