“己亥建儲”所引起的政治格局變化隻在上層，而下層民眾則是另外一種情形。隻是到了後來，當上層政治變化引發中外關係緊張和衝突時，政治高層非常不恰當地利用了民粹主義情緒，遂使問題複雜化。
下層民眾在甲午戰後承受著更多痛苦，他們根本沒有多餘精力當然也沒有能力就國家大事表明自己的態度。不過，甲午戰敗對下層民眾來說也是直接的政治事件，他們的生活在經曆了這次戰爭後更加艱難，“集體無意識”促使他們不甘心於中國社會繼續沉淪，不甘心於具有五千年曆史文化傳統的中華民族就此滅亡。於是，以農民、手工業者為主體的社會民眾自發聯合起來，用獨特的應變方式掀起一場以挽救民族危亡為目的的政治運動。他們像顧炎武在兩百多年前所揭示的那樣，對於國家的滅亡並不感到特別可怕，他們真正感到可怕的是“亡天下”，是民族文化無法在這個世界繼續存在，於是有義和拳在山東悄然興起。
正如人們久已知道的那樣，義和團運動至1900年初方才引起人們注意。在此之前數月，義和拳一直在魯西北慢慢積蓄力量。至1899年冬，義和拳越過直隸和山東交界地區，以迅雷不及掩耳的速度擴展到華北平原大部分地區，甚至蔓延到東北及蒙古。73所以經久不衰的民謠稱“義和拳起山東，不到三月遍地紅”。
義和團運動的迅速崛起，與甲午戰後國際局勢變化以及國內社會經濟大變化有著直接關係。隨著《馬關條約》的落實，外國資本潮水般進入中國，中國經濟實際上漸漸處於失控的發展狀態，與外國資本大幅進入中國相配套的政策並不完善，強勁的發展勢頭實際上潛伏著巨大的政治危機。
與此同時，外國傳教士也隨著外國資本大量湧入內地，形成新的文化衝突，於是民間秘密結社形式及其政治訴求多有變化。他們往往不滿意於“新異族”傳教士的所作所為，開始放棄先前兩百年“反清複明”政治訴求，轉而將傳教士作為鬥爭目標和襲擊對象。