儒家傳統裏一個很可注意的特點是有意獎勵獨立思想，鼓勵懷疑。孔子說到他的最高才的弟子顏回，曾這樣說：“回也，非助我者也，於吾言無所不說（悅）。”然而他又說過：“吾與回言終日，不違如愚。退而省其私，亦足以發。”孔子分明不喜歡那些對他說的話樣樣都滿意的聽話弟子。他要獎勵他們懷疑，獎勵他們提出反對意見。這個懷疑問題的精神到了孟子最表現得明白了。他公然說：“盡信《書》不如無《書》。”公然說他看《武成》一篇隻“取其二三策”。孟子又認為要懂得《詩經》必須先有一個自由獨立的態度。
孔子有一句極有名的格言是：“學而不思則罔，思而不學則殆。”他說到他自己：“吾嚐終日不食，終夜不寢，以思，無益，不如學也。”“學如不及，猶恐失之。”“朝聞道，夕死可矣。”這正是中國的“蘇格拉底傳統”。
知識上的誠實是這個傳統的一個緊要部分。孔子對一個弟子說：“由，誨女（汝）知之乎？知之為知之，不知為不知；是知也。”又有次，這個弟子問怎樣對待鬼神，孔子說：“未能事人，焉能事鬼？”這個弟子接著問到死，孔子說：“未知生焉知死？”這並不是回避問題，這是教訓一個人對於不真正懂得的事要保持知識上的誠實。這種對於死和鬼神的存疑態度，對後代中國的思想發生了持久不衰的影響。這也是中國的“蘇格拉底傳統”。
（《中國哲學裏的科學精神與方法》）
朱熹
朱子真正是受了孔子的“蘇格拉底傳統”的影響，所以立下了一套關於研究探索的精神、方法、步驟的原則。他說：“大抵義理須是且虛心隨他本文正意看”，“隻虛此心，將古人語言放前麵，看他意思倒殺向何處去”。怎樣才是虛心呢？他又說：“須是退步看。”“愈向前愈看得不分曉，不若退步卻看得審。大概病在執著，不肯放下。正如聽訟，心先有主張乙底的意思，便隻甲的不是，先有主張甲的意思，便隻見乙的不是。不若姑置甲乙之說，徐徐觀之，方能辨其曲直。橫渠（張載，1020—1077）雲，‘濯去舊見，以來新意。’此說甚當。若不濯去舊見，何處得新意來？”