但是，曆史表明，弗洛伊德的這一轉業，其後果遠遠未被其本人及其老師所料到。除了經濟收入上有了明顯的改善之外，主要是走上了一條把所學得的基礎理論與臨床實踐結合起來的正確道路，為他後來創建精神分析學打下了不可缺少的基礎。
維也納綜合醫院是世界上第一流的醫院和研究中心之一。這裏的教授也躋身於奧匈帝國最受尊敬的名人之列，各實驗成果也給醫院帶來顯赫的名聲。綜合醫院位於十幾座四邊形大樓，共有20個科、14個研究室和門診部，醫生們有一個閱覽室，病人有一個圖書館，全院共有2000張病床，每年接納25000名病人。
從1882年至1885年，在維也納綜合醫院工作期間，弗洛伊德先後擔任外科、內科、精神科、皮膚科、耳鼻咽喉科、神經科、眼科和小兒科等8個科的醫師。
1882年7月31日，弗洛伊德正式到維也納綜合醫院工作。首先任外科臨床助手（Aspirant）。每天在病房工作時間是早上8至10時，下午4至6時，晚上22時至半夜自己看書。病人臨床報告必須記得十分詳細。他沒有資格主刀，隻是做些助手工作，如清洗傷口、上鉗子、纏纏繃帶等等。在兩個多月的時間裏，弗洛伊德參加了外科主任比羅特（Billroth）教授關於十二指腸、胃、唇裂、**瘤等方麵的手術，並聆聽了多次比羅特教授的講課。比羅特認為，“失敗應當承認，要立即公開承認，決不能掩飾我們的錯誤。了解一個失敗的病例比了解十幾個手術的成功還要重要。”對這一點，弗洛伊德的感受頗深，作為一個好醫生，不僅要有良好的醫術，更要有高尚的醫德。他還發現，比羅特愛好音樂，德國著名鋼琴家、作曲家勃拉姆斯（Johannes Brahms，1833~1897）是他的親密朋友，並且勃拉姆斯的許多作品首先是他在比羅特家裏親自彈奏的。可以說，“比羅特與布呂克教授很相似：一半是科學家，一半是藝術家”。