清康熙時，閻若璩作《古文尚書疏證》，始知鄭康成《尚書》為真本。閻氏謂《孟子》引父母使舜完廩一段，為《舜典》之文，此說當確。惠棟《古文尚書考》，較閻氏為簡要。其弟子江聲（艮庭），作《尚書集注音疏》，於今文、古文不加分別。古文“欽明文思安安”，今文作“欽明文塞宴宴”，東晉古文猶作“欽明文思安安”。江氏不信東晉古文，寧改為“文塞宴宴”。於是王鳴盛（西莊）作《尚書後案》，一以鄭康成為主，所不同者，概行駁斥，雖較江為可信，亦非治經之道。至孫星衍作《尚書今古文注疏》，古文采馬、鄭本，今文采兩《漢書》所引，雖優於王之墨守，然其所疏釋，於本文未能聯貫。蓋孫氏學力有餘，而識見不足，故有此病。
今人以為孫書完備，此亦短中取長耳。要之，清儒之治《尚書》者，均不足取也。今文家以陳壽祺、喬樅父子為優。凡漢人《書》說皆入網羅，並不全篇下注，亦不問其上下文義合與不合。所考今文，尚無大謬。其後魏源（默深）作《書古微》，最為荒謬。魏源於陳氏父子之書，恐未全見，自以為采輯今文，其實亦不盡合。源本非經學專家，晚年始以治經為名，猶不足怪。
近皮錫瑞所著，采陳氏書甚多。陳氏並無今古是否之論，其意在網羅散失而已。皮氏則以為今文皆是，古文皆非。其最荒謬者，《史記》明引《湯誥》（在伏生二十九篇之外），太史公亦明言“年十歲，誦古文”，而皮氏以為此所謂古文，乃漢以前之書，非古文《尚書》也。此誠不知而妄作矣。
古文殘闕，《三體石經》存字無幾，其他引馬、鄭之言，亦已無多，然猶有馬、鄭之緒餘在。今日治《書》，且當依薛季宣《古文訓》及日本足利本古文，刪去偽孔所造二十五篇，則本文已足。至訓釋一事，當以“古文《尚書》讀應《爾雅》”一言為準。以《爾雅》釋《書》，十可得其七八，斯亦可矣。王引之《經義述聞》，解《尚書》者近百條，近孫詒讓作《尚書駢枝》，亦有六七十條，義均明確，猶有不合處。餘有《古文尚書拾遺》，自覺較江、王、孫三家略勝，然全書總未能通釋，此有待後賢之研討矣。