回亂乘太平軍事而起，然不與太平相應合。有宗教之隔閡，有種族與地域之限製，故無迎附太平之意，亦不遽逐鹿於中原。中原方急，清廷可置為緩圖，惟養亂久，故戡定較費力耳。回事分三部分：（一）陝、甘，（二）新疆，（三）雲南。陝、甘、雲南，皆自古為回族入居之地，而聲勢又不相聯絡；新疆則域外之回部酋長乘虛來襲，而南疆回部從之，北疆亦為所薦食，俄羅斯又從而生心，此回亂糾紛之派別也。未亂之前，甘、陝、雲南漢回仇殺之案，相續不絕。人數則漢少於回。回有宗教之團結，漢又較分散無力。平時受製於官法，尚時時釀亂。太平軍時，兵餉皆絀而官力微，又往往招募回丁助戰，益借寇兵而長其焰，此回亂之因也。
回變多在甘肅，而陝西之回眾聲勢，其時有巡撫畢沅一疏，因查禁新教苛擾激變而言，可借見陝、甘回民之狀。疏言：“陝屬回民，較他省為多，而西安及所屬之長安、渭南、臨潼、高陵、鹹陽，及同州府屬之大荔、華州，漢中府屬之南鄭等州縣，回民聚堡而居，戶口更為稠密。西安省城，回民不下數千家，城中禮拜寺七座，其最大者係唐時建立，各寺俱有傳經掌教之人，稱為阿洪（或作“阿渾”），不相統屬。從前長安回民械鬥案件頗多，究因地方有司管教不善所致：非存心姑息，遇事寬縱；即因其回民，有意從嚴，遂致私圖報複，互相仇殺。此後如實有隨同新教，或別立邪教，即當嚴絕根株。倘不過尋常念經禮拜，即不必另立科條，致滋擾累。”疏入，諭各省行之。自此內地回族安堵。鹹豐末，河南巡撫嚴澍森遣募荔、渭、涇陽回勇六百，赴汴防守，頗資其力。未幾，澍森調湖北，遣撤回勇。回勇詣陝省團紳投效，時在同治元年。太平軍陳得才合撚眾入武關，窺省城，省防標兵多遠征，巡撫瑛棨飛章乞援，官文、曾國藩商遣多隆阿或舒保援陝，道遠弗能至，民團戰敗，回勇亦散歸，經華陰小張村，伐民家竹為矛，主家噪逐，格鬥斃回人二，餘逃入回居之秦家村，糾眾複仇。會太平軍阻渭不得渡，仍出潼關入豫境，而回亂則已醞釀甚熾，漢民亦起相抗，焚殺相踵，村鎮往往為墟，詔瑛棨諭解，而由團練大臣張芾親往，遂被戕於回，由是困城戕官，殺屠萬計。同州、西安回焰既熾，鳳翔回亦殺漢民與相應。甘肅回皆蠢動。時川、滇土匪，及太平軍與撚眾，出入奔竄，多隆阿已入陝，又追剿東還，詔勝保督陝西軍，以雷正綰副之。二年二月，甘回陷固原，寧夏、河州、狄道、平羅、靈州皆反側。旋又圍攻平涼。多隆阿既逐賊出陝，仍返剿回。自二月至四月，連戰皆捷。八月，甘回陷平涼，複攻涇州。詔趣多隆阿西援鳳翔、平涼。九月，解鳳翔圍，鳳翔被圍已十四月。將進剿甘回，而於十月滇匪藍大順竄陷盩厔，多隆阿移師困之。盩厔城小而固，大順百計守禦，久不能拔。而陝回懾多隆阿軍威，漸西趨。寧夏又有漢回互鬥之事起，兵備道侯登雲練民備之。將軍慶瑞主撫，奏劾登雲，勒漢團繳械，回遂夜襲陷寧夏城，登雲被害，漢民屠戮無遺。滿城隔數裏，慶瑞佯為弗聞。次日，靈州回起陷州城，而馬化隆本據金債堡，設碉卡，納亡命，反側鴟張。寧夏既陷，其酋赫姓，使使迎入城，群回跪道左，鹹聽命焉。化隆自其父馬二與穆大阿渾善，穆大阿渾習新教，臨死，以所服白帽紅衣授化隆，屬徒眾歸其管束。大阿渾之孫穆三、穆四、穆五，均為新教阿渾，自京師、天津及黑龍江，吉林之寬城子，山西之包頭，湖北之漢口，均有新教徒黨，潛匿勾引。化隆又自托神靈，妄言禍福，群回傾信之。化隆既起，遂足以號令甘回，厚集其毒矣，時陝回已漸肅清，多隆阿兵若不頓，甘回可以被懾不動。既為由滇入川之藍匪所掣，而旗員之為將軍於寧夏者又助成之，是為陝、甘、回亂盡發之日。