回疆已服屬於準噶爾，準部既平，似已一並收功，不用再舉，高宗初誌本然。乾隆二十年正月，甫動討準之兵，二月即傳諭西路參讚鄂容安：“漢時西陲，塞地極廣，烏魯木齊及回子諸部落皆曾屯戍，有為內屬者，唐初都護開府，擴地及西北邊。今遺地久湮，此次進兵，凡準噶爾所屬之地，回子部落內，伊所知有與漢唐史傳相合可援據者，並漢唐所未至處，一一詢之土人，細為記載，遇便奏聞，以資采輯。”此諭見《東華錄》，可見成功者自有意識，而事實正不如是之易也。數月內果平伊犁，而回部和卓木甫脫準部之羈絆，而準部則又有阿睦爾撒納之變，回部因有大、小和卓木之生心，鄂容安亦死於變中，回疆乃終用武力取之矣。
回疆在漢唐時，早為西域城郭之國，唐以前佛教流行，其變為伊斯蘭教，世係有不能詳。而《聖武記》特鑿鑿言之，雖未知其所根據，然與他官書多未盡合，則亦不敢盡信也。
《聖武記》：“隋、唐之際，其國王天方國。謨罕驀德者，生而神靈，盡臣服西域諸國，始掃佛教，自立教，造經三十篇，敬天禮拜，持齋戒，蔥嶺以西，皆尊曰天使。回回語稱天使為別諸拔爾，亦曰派罕巴爾。傳二十有六世，曰瑪墨特者，當明之末年，與其兄弟分適各國，始自墨德逾蔥嶺，東遷喀什噶爾，是為新疆有回酋之始，即霍集占兄弟等之高祖也。其回部舊汗，本元太祖次子哈薩岱之裔，世封回部。及瑪墨特自西方至，各回城靡然從之。旋值厄魯特強盛，盡執元裔諸汗，遷居天山以北。回部及哈薩克皆為其屬。哈薩克行國僅納馬，而回部各城則分隸諸昂吉，準部昂吉二十一。昂吉者，分支也，乃台吉所有之戶下。征租稅，應徭役，並質回教酋於伊犁。康熙三十五年，噶爾丹敗後，其質伊犁之回酋阿布都實特自拔來投，聖祖優恤之，遣人護至哈密，歸諸葉爾羌，是為霍集占兄弟之祖。至其子瑪罕木特，噶爾丹策零複襲執而幽之，並羈其二子，使率回民數千，墾地輸賦，長曰布那敦亦曰博羅尼都，次曰霍集占，即所謂大、小和卓木也。”篇末又著論，略曰：“考霍集占高祖瑪墨特之初遷喀城也，當明之末季，距其始祖派罕巴爾已千餘年。徒以來自天方，回人神明奉之，生即所居為寺，沒即所墓為祠。其時回疆各城，尚皆有汗，皆元太祖之裔，非回國裔也。順治初，哈密有巴拜汗，葉爾羌有阿布都汗，吐魯番有蘇勒檀汗，皆以葉爾羌酋為太宗。每表貢皆葉爾羌汗署名。康熙二十五年，貢表稱臣成吉思汗裔，承蘇賚滿汗業，其時尚未為回酋所有。逮準噶爾強盛，攻破回子千餘城，自後無複表貢。而乾隆二十年，大軍**平準部時，惟有吐魯番舊頭目莽蘇來降，此外無蒙古遺種。吐魯舊頭目亦已遷居喀喇沙，失其故土久矣。然則回城各蒙古酋汗，蓋康熙中準夷滅之，非回教逐之。準夷既滅，元裔各汗，並執回教之長歸伊犁。是則霍集占祖宗，並未占有回疆，享一日之威福，且派罕巴爾子孫，分適各國，喀城和卓，特其一支，非其嫡裔太宗也。彼大、小和卓兄弟，又非有功德於回民也。王師出之拘幽，反之舊部，饑附飽揚，報德以怨。”