教基〔1999〕13號文件指出：“各級教育行政部門和學校要把中小學校心理健康教育，作為深化教育改革，全麵推進素質教育的一項重要工作。”
建立高效能的管理體製是中小學校心理健康教育獲得全麵、健康發展的重要組織保證。一般學校心理健康教育工作的上級領導是市教育委員會德育處，由該處負責組織領導全市各學校的心理健康教育工作。各學校一般由負責德育工作的副校長主持、領導本學校的心理健康教育工作，校長要在校黨委（黨總支）的領導下，認真抓好學校心理健康教育的組織與協調工作。
學校心理谘詢（輔導）室的教師在校長的領導下，負責學校心理健康教育的具體工作，學校心理谘詢（輔導）室的工作職責有五個方麵（見第十四章心理健康教育的途徑）。校長應監督心理谘詢（輔導）教師遵循心理谘詢（輔導）工作守則開展工作。學校各相關部門的教師要積極支持、配合心理谘詢（輔導）室開展心理健康教育工作。
學校心理健康教育的日常經費要列入學校專項經費，並逐年有所增加，要著重保證心理谘詢（輔導）室的建設和專、兼職心理谘詢（輔導）教師進修的需要。
教育部教基〔1999〕13號文件要求：學校要逐步建立在校長的領導下，以思想品德課和思想政治課教師、班主任和團、隊（專職共青團、少先隊）幹部為主體，專、兼職心理谘詢（輔導）教師為骨幹，全體教師共同參與的心理健康教育工作體製。
天津實驗中學經過二十餘年的努力，已經建立了比較完整的心理健康教育的組織體係。他們自1992年10月成立了“學校心理健康服務中心”這一專門的組織機構。主管德育的校長任“中心”主任，專職科研人員和臨床心理醫生任副主任。下設課程指導組、家庭教育指導組、秘書組。又相應地建立了心理診斷室、心理谘詢室、心理專家門診、年級心理輔導站、心理閱覽室、心理資料室以及心理熱線電話。主管校長親自指揮、督促與檢查各方麵的工作，提供人、財、物的保證；臨床心理醫生直接參與並指導學校心理健康教育；專職教師和研究人員具體負責“中心”的日常工作和科研。並且建立了自上而下的“中心”——年級心理輔導站、班級心理輔導小組的組織結構模式，見圖16-1。