現代科學意義上的語氣和語氣詞研究肇端於《馬氏文通》。在該書中，馬建忠確立了語氣作為一種語法範疇的地位，語氣詞也單列為一類詞（馬氏在書中稱作“助字”），討論得非常詳細。馬氏繼承了柳宗元的傳信、傳疑二分法，不過他也認識到了語氣詞所助語氣的複雜性，所以又說：“二者固不足以概助字之用，而大較則然也。”[18]在虛字卷之九，馬氏共討論了傳信助字“也”“矣”“已”“耳”“爾”“焉”“者”；傳疑助字“乎”“哉”“耶”“歟”“諸”“夫”；另外還討論了合助助字（即我們現在所說的語氣詞連用或同現）。
《馬氏文通》的助字（語氣詞）研究有這樣幾個特點：①注重比較。如“‘也’字所以助論斷之辭氣，‘矣’字惟以助敘說之辭氣。故凡句意之為當然者，‘也’字結之，已然者，‘矣’字結之”[19]。這一論斷至今都是公論。②注重聯係句式。如“故句有助動字為坐動者，概煞‘也’字，而‘可’‘足’兩字最習用也”[20]。又如“凡‘況’字冠乎句首，往往助以‘乎’字，蓋句內皆有含蓄之語”[21]。這類分析在《馬氏文通》中比比皆是，也為後人所吸收。③不區分時間因素，將先秦至唐的文獻都處理成泛時的語料。看到了語言的發展變化，可是仍不區分曆時語料，這點招致了後人的諸多批評。總的來說，《馬氏文通》的語氣詞研究瑕疵並存，宋紹年的評價比較公允，可以參考。[22]另外值得一提的是馬建忠在分析六個傳疑助字時認為：“六字所助，句讀中之動字耳。”[23]這就牽涉到語氣詞的層次了。現在通行的觀點是認為語氣詞獨立於句子意義和結構之外，傳達的隻是說話人的主觀情緒、語氣；但宋紹年卻肯定了馬氏的說法[24]，看來語氣詞的句法層次問題仍有探討之必要。