曆史文選，顧名思義，是從中國的古籍名著中選取代表性的片段，加以標點、注解，供學生學習的教材。提到古籍，就不能不談版本。一部古籍，在千百年的流傳過程中，不同的時期，不同的地域，會造成不同的傳抄本或者版本。這些傳抄本或者版本，雖然來源於同一個祖本，但是其文字、段落卻不盡相同。曆史文選的選文，無疑應該選用最接近祖本的傳抄本或者版本。或者，將通行易得、校勘精審的本子介紹給學生也是可以的。可是，曆史文選的編者們，不同程度地，沒能做到這一點。
在我們要加以討論的三種教材之中，周本對於版本無疑是最重視，而且編選者表現出了相當的版本學素養。但是，麵對上下兩千年，橫通四部的典籍，周本及其修訂者，在版本方麵還是有些失誤的。
（一）《史記》版本選用的一點小問題
該書上冊第93頁說，“據1959年中華書局出版《史記》，參考《百衲本二十四史》版《史記》”。中華書局點校本《史記》，直接依據張文虎校勘的金陵書局本標點，應該不是《史記》最好的本子。不過依據通行易得的標準，從中選取文章，還是可行的。然而，參考本選擇百衲本，就屬於失策。百衲本《史記》並非校勘性善本。
（二）漢書版本的選擇
該書上冊第146頁說，“據中華書局1962年版《漢書》，參考《百衲本二十四史》版《漢書》”。中華書局點校本的《漢書》，以清王先謙《補注》本為底本，但是不收《補注》，隻收顏《注》，形成了這麽一個四不像的本子，其校勘也不是很認真。[1]所以從這個本子選擇文章，應該是失策的。
（三）《水經注疏》版本的選擇
該書上冊第315頁：“據1957年科學出版社影印本楊守敬《水經注疏》”。《水經注疏》版本有兩個。這兩個本子中較好的恰恰不是科學出版社的影印本，而是現存台灣的本子。1989年江蘇古籍出版社出版，由段熙仲、陳橋驛點校的《水經注疏》，參校了台灣本，應該是比較理想的本子。