元朝是中國古代漕糧海運的鼎盛時期，不論是在運輸路線、組織管理，還是運輸數量上，元朝的漕糧海運都是前代所不能比擬的，用“元時武功超軼前代，而海運之盛，亦亙古未有”來形容可謂貼切。
伯顏像
元朝統一全國後，每年從江南運送大批糧食至大都。最初依靠河運，但運河年久失修，中灤到淇門一段需旱站轉運，勞民傷財。至元十三年（1276），伯顏攻下臨安（今杭州），取南宋庫藏圖籍，因兩淮地區尚被宋軍把守，特招海盜頭目朱清、張瑄等人，從崇明由海路運抵京師。考慮到河運漕糧“勞費不貲，卒無成效”，於是在十九年，伯顏造平底海船進行漕糧海運，未曾想風信失時，漕糧遲至第二年始抵直沽，此時朝廷還未能體會到海運的便利。但此次海路運糧成為元代漕糧海運之始。
元代海運最高管理機構是中書省，其“左司”下轄“糧房六科”中的“海運科”為具體辦事機構，經過一段時間的調整，元代漕糧海運體製大致確定，主要由分處南北的兩大係統承辦。南方為“承運”係統，至元二十年，元朝設立2個萬戶府，以朱清為萬戶，張瑄為千戶，忙兀為萬戶府達魯花赤，駐平江（今蘇州）。萬戶府下5個海運千戶所，分設於溫州路、台州路（浙江臨海）、慶元路（寧波）、紹興路、杭州路和嘉興路。另在平江路（蘇州）設有“海運香莎糯米千戶所”，專門運送上等白米。千戶所各設達魯花赤1人、千戶2人，其下設副千戶3人及眾多屬官。北方設有“都漕運使司”（駐直沽河西務）和“京畿都漕運使司”（駐大都），前者主要負責接納海運漕糧，兼及其他各路南來物資，下轄新運糧提舉司、通惠河運糧千戶所和京師22倉；後者主管從直沽向通州轉運海運物資，官職設置大體相同。