清代漕運以漕運總督為核心，形成一套龐大的官製。對原有河漕官製的變革，最重要的當然是廢除漕運總督。漕運總督在原有河運體製中的督促不力，很早就有人指出，可將漕標改歸綠營，通倉仿海運之例，專派欽差大臣監收，幫費自然減少，浮收也會變輕。並認為，若能裁去一總漕，加派一欽差，其餘悉照舊章，漕運還無起色，“民不稍蘇，我不信也”。
漕運總督衙門（淮安）
江浙漕糧海運的推行和湖廣等省河運漕糧的停止，使得在整個太平天國期間，漕運總督的主要精力變成了鎮壓起義。鹹豐十一年（1861）十月，漕運總督吳棠在清江與太平軍相遇，雙方在河下開火，吳棠將太平軍擊退至板閘，割取首級37顆。次日回城巡查，行至八角樓，又見太平軍四五百騎，步兵千餘名，由北麵往西南而走，他督隊連開大炮，“轟斃馬賊十數名，步賊數十名，始向北麵而竄”。同治五年（1866），撚軍張宗禹冒充清軍偷渡運河，漕運總督邵燦親自率眾，在該處添設炮台，訓練士兵，以資扼禦，“是以該逆屢撲屢卻，頗有斬獲”。因為他在撚軍縱橫江北時，力籌防堵，“屢遏寇氛，地方賴以保全”，後又死於職守，結果得以進入江南名宦祠。漕運總督本有統軍之職，但如此大規模地參與軍事活動，卻是絕無僅有的，並在事實上成為對漕運總督職責的一種改良。
漕運總督駐地的清江浦為運道所經，係南北咽喉，“最關緊要”，中日甲午戰爭時期，槍械皆集中於此。當時的漕運總督鬆椿人尚平正，辦事亦頗謹慎，“惟以目下清江事勢而論，似難必其勝任大局”。結果，山東巡撫李秉衡特意上疏彈劾，要求撤換。由此不難看出，一向以督運漕糧為己任的漕運總督，在晚清卻多次承擔起相應的軍事重任。