光緒二十年（1894）七月初一，中日甲午戰爭爆發，並一直持續到次年二月。與中法戰爭如出一轍，漕糧海運隨即受到戰爭的衝擊和影響，而清廷所采取的規避措施，包括由招商局代為雇用洋商承運漕糧，和中法戰爭相比，沒有什麽太大的區別，並且河運的呼聲在戰後也再次得到加強。
在戰爭期間，輪船招商局為避免更大損失，仿效出售旗昌之例，由盛宣懷將輪船分售各國洋商。當時德商信義洋行和禮各洋行，即將招商局7艘輪船改掛德國旗幟。次年《馬關條約》簽訂，招商局立即將出售之船“全數買回”。非常有意思的是，到了光緒二十六年，八國聯軍侵華，招商局為防患未然，再次將永清、豐順等19艘輪船，變價224萬餘兩，出售各國洋商，自己僅保留江寬、江永等10艘，計成本815000兩。次年戰事平息，招商局又將售出輪船，“仍照原價全部買回”。
招商局“永清號”輪船
中日雙方開戰時，光緒二十年的漕糧海運已經結束，但是這一年的漕運仍能感受到戰爭的影響。李鴻章向朝廷奏明，由於戰局已開，北洋海軍陸續在增加招募士兵，因此所需的漕米數量十分龐大。而日本的艦隊在海麵上不停的巡邏遊弋，海運的安全狀況不甚明了，招商局的輪船不便照常行駛，所以決定將江北及江蘇河運的部分漕糧全部截留，共計13餘萬石。
戰爭爆發後，光緒二十年九月，有言官向皇帝上奏，稱南方的米糧原本是由轉運公所代為存儲，但是在天津有奸商串通丁役橫加阻撓，使得南方的商人裹足不前，而糧價則日漸昂貴。李鴻章進行詳細複查。他表示，天津的米糧商店不下數百家，如果設有轉運公所的話，必定會有設立的地方和承辦的人員，但經過調查之後並沒有發現。倒是在光緒十四年（1888），稅務司根據米商楊春泰等人的請求，打算在租界設立米棧，議定米價，但遭到其他米商的反對，他們認為如果另外設立米棧，難免增加不必要的開支。第二年，稅務司又想要開設南糧行棧，也遭到發號等37家糧商和增興厚等206家米店的集體反對。