中法戰爭與中日甲午戰爭，是中國近代曆史上的著名戰爭，不僅深刻影響了清代的政治格局，對漕糧海運也產生了巨大影響。這種影響主要體現在三個方麵：其一，在戰爭期間，漕糧海運飽受侵襲，步履維艱；其二，在戰爭結束後，清廷內部河運的呼聲加劇，海運的安全性受到強烈質疑；其三，甲午戰後，清朝財政麵臨嚴重危機，作為償還債務的重要手段，大規模漕糧改折開始出現。從某種意義上說，它還為漕糧改折詔的頒布，做了必要的鋪墊。
從光緒九年（1883）至次年四月，由於法國侵略越南，並企圖進而入侵中國，中法兩國軍隊在越南展開激戰，光緒十年四月中法訂立《簡明條約》。六月，法軍又再次挑起戰爭，進犯台灣，並在馬尾海戰中全殲福建水師。中法之間的陸上戰爭也在繼續，光緒十一年（1885）二月，清朝取得了鎮南關大捷，扭轉了戰爭局勢。最終中法雙方議和，光緒十一年四月，李鴻章與法使巴德諾在天津簽訂了不平等的《越南條款》，中法戰爭宣告結束。
對於漕糧海運而言，在中法戰爭期間，首當厄運的就是招商局被迫出售給美國旗昌洋行。中法戰爭前夕，法軍的艦隊在中國沿海進行海盜式的騷擾，蓄謀發動全麵侵華戰爭。此時，招商局承擔著運輸軍需物品和搜集法軍情報的重任。光緒九年（1883）三月，法軍侵占了招商局設在越南海防的棧房以及存放在該處的軍米，招商局被迫停止了在越南的營運業務。唐廷樞曾與法國總督就此事進行交涉，但是毫無結果，唐廷樞又在法國的報紙上發表文章說明事實真相，並與法國有關官員晤談，仍未能解決。李鴻章也曾出麵同法國駐華公使交涉，同樣毫無進展。
唐廷樞像
光緒九年（1883）中法戰爭爆發後，法軍揚言要攔截海運船隻，“遇船劫奪”，招商局的船隊麵臨著巨大的威脅。為保存民族航運業，在李鴻章的支持下，招商局作出了將輪船名義上暫時出售給外商，以便換旗行駛的重大決定。當時，招商局的主管人員頻繁更迭。光緒十年二月，鄭觀應受粵東防務大臣彭玉麟的委托，前往廣東辦理軍務事宜。四月初，唐廷樞又奉命北上處理開平煤礦的有關事情。所以實際上主持局務的是李鴻章的親信幕僚馬建忠。