從光緒五年（1879）起至十年（1884）止，也就是中法戰爭對漕糧海運施加影響以前，是清代漕糧海運中最後的平靜階段。這段時間內，江浙兩省的漕糧海運均做過製度上的小幅調整，但總體上說，並無太大的變革。江西、兩湖及山東等地的漕運，雖然數量或多或少，但都是京師地區穩定而有力的糧食供應者，對於江浙兩省的漕糧海運而言，也是一種有益的補充。
經過多年的實踐，海運優點已經毋可置疑，河運漕糧困難又極多，尤其是無人應雇，使得江北漕糧的河運顯得極為被動。兩江總督沈葆楨向朝廷奏請，光緒五年（1879）江北漕糧再辦海運，得到朝廷的批準。後來，戶部原本要求光緒六年（1880）江北的漕糧恢複河運，並且欲從江蘇漕糧海運中撥出部分漕糧河運，遭到沈葆楨的堅決抵製。最終雙方折中，江蘇不增撥漕糧河運，江北則恢複河運，共6萬石漕米，但後來全部用於撥付直隸賑災。
光緒七年（1881），因為各州縣上交的漕米質量太差，江蘇巡撫在向朝廷奏報漕糧海運進程的折子中特意申明：今年因為天時失調，米色不佳，米粒實難純潔，恐怕經曆長途運輸之後品相會更差。倉場侍郎繼格、畢道沅對江蘇的這番解釋不滿意，他們認為可能會使下級州縣誤會有機可乘，而上交的漕米質量更難保證，強烈要求江蘇省以後認真辦理。在驗兌這一年的漕糧時，倉場侍郎還發現，招商局承運的漕糧，攙雜破碎的情況與往屆相比特別多。他們不得不將情況最糟糕的那部分漕糧過篩，以確保進倉漕糧的質量。光緒八年（1882）和九年（1883），江北漕糧還是實行河運。因為河運的運道十分艱阻，船戶們被連累得賠了不少銀子，都把河運視為畏途。兩江總督左宗棠不得不派遣委員分赴各地，設法招雇，答應船戶們增加雇銀，這才陸陸續續招齊。