在江浙漕糧海運如火如荼進行的同時，清廷中恢複河運的呼聲也不絕於耳。試行夾板船失敗之後，朝廷關注的焦點也漸漸轉移到河運上來。漕糧河運的恢複既有海運不安定因素的影響，更與河運相關利益集團的努力爭取密切相連。
同治四年（1865），漕運總督吳棠向朝廷提出奏請，稱太平軍的威脅已經解除，東南軍務大定，請求試辦河運。他打算動用淮軍軍需捐款來購米2萬石河運，最終得到朝廷的批準。後來，清廷又要求吳棠將采購的米數增加到30600石。這次河運江北漕糧於次年的八月全部抵達通州，相關的人員也得到獎賞。不過，此次試辦算不上是一次成功的河運。因為當漕船返回山東的時候，河道出現淤塞，使得船隻直到同治五年（1866）的三月都未能順利南歸，船主深以為苦。
同治五年（1866）初，河運再起。不料，此時撚軍向東進軍，淮河一線形勢變得緊張萬分。直到四月十五日，江北漕糧才決定從揚州啟程北上。可是，河東河道總督張之萬卻又發來急報，要求漕船推遲啟程，原來撚軍威脅尚未解除，且還需要仰賴運河來抵禦進攻。朝廷隻得飭令糧道隨時探明撚軍的行動，相機行事，妥善安排好漕糧的運輸進程。結果這一年河運的效果比以往更糟，為了區區4萬石米，山東不得不耗費大量人力物力去疏浚運河及黃河。
清代兩江總督衙署
同治六年（1867），江北的漕糧因為水災被全部截留停運。隨後兩年漕糧都改行海運。同治八年的十一月，在戶部的要求下，兩江總督馬新貽重提河運，並於次年二月上奏了河運章程。同治九年（1870）六月，馬新貽再次向朝廷奏報，河運的漕米已經分六次購置完畢，但其中過程實在艱辛。四月以後，因為下河一帶天氣持久地幹旱，河水幹涸，必須用小船將米糧運至高郵的頭二閘及子嬰閘，然後再用籮筐挑運，每天收米不過數十石至百餘石不等。隨後又遇上連日大雨，經過一番周折，漕糧在五月底才結束交兌，正式啟程。