太平天國運動結束後，清朝步入了一個新的時期，江浙的漕糧海運也麵臨著新的抉擇。就在減賦運動蓬勃開展的同時，江蘇省率先恢複了中斷了數年的漕糧海運路線。
早在同治二年（1863）二月，在清剿太平軍大勢已定的情況下，為了更好地保證京畿地區的糧食安全，李鴻章抱著試一試的態度，發動商人通過海路試運米石。這些商人經常往來於江浙與天津港，對於這條海路的基本狀況非常熟悉。因此，李鴻章為保證此次海路運輸的成功，千方百計地拉攏他們。他勸說各個承運商戶，不管是哪些品種的糧食，或者自己運送，或者通過交與其他商人代理，都要征收以供應朝廷。在李鴻章等人的精心策劃與安排下，一些商戶籌集了3萬石大米。經過相關部門的檢驗與審查，到四月十五日，這批新近購買和征收的米石分別裝載在19艘貨船上，陸續出航，駛向天津港。
同治二年十二月，江蘇布政使劉郇膏召集部屬數人討論冬天漕運米石征收的事宜。當時的實際情況極為慘淡：江蘇的武進等7個縣仍然被太平天國的軍隊控製著，那裏的漕糧米賦肯定沒有辦法征收；長洲等15個州廳縣，雖然之前已經攻克與收複，但經過三年的太平軍統治，百姓流離失所，各個背井離鄉，土地荒蕪，因而征不起來糧食；而金山、嘉定和丹徒3個縣，也因為太平軍時常驚擾，耕作荒廢而沒法兒征糧；僅有華亭、婁縣、青浦等3個縣還可以按照實際情況酌量征收。如此算來，這一年的漕米征收要比以往遜色很多，整個江蘇隻征收了13餘萬石糧食。雖然如此，這也充分顯示出江蘇巡撫李鴻章對於滿清政權的效忠之心。清廷毫不猶豫地對李鴻章進行嘉獎，稱讚其辦事認真。盡管得到了中央的肯定，但迫於嚴峻的客觀情況，李鴻章也在不同場合表達了自己的無奈與苦衷。他曾在私底下表示，隨著形勢的變化與社會的發展，以往冗雜、低效的漕糧征運體製已經很陳舊了，需要做出必要的改變和革新。