第二次鴉片戰爭失敗後，鹹豐皇帝逃往熱河。陳孚恩奏稱，在京商賈無利可圖，生意日減，且恐土匪及夷人擾動，已經將所有資本暗運出京，店鋪也逐漸關閉，“既去之後，難以遽複舊觀”。又有人報告，自鹹豐帝外逃之後，“搬家者終日絡繹，煤米騰貴，睹此時事勢，不能禁人心不驚惶也”。當時西方駐華的《North China Herald》（《北華捷報》）記者也觀察到，鹹豐外逃後，“商人們發現糧食在熱河可以比北京賣更好的價錢時，許多北京的糧食被轉移走了，結果使得北京的糧食價格上漲一倍”。
圓明園殘骸
在敗於英法聯軍的同時，清廷也遇到了太平軍的強有力攻擊。鹹豐十年（1860），為奪取蘇州，太平軍聯合丹陽、常州等處10餘萬部眾，“分番更代，日夜來攻”。四月，蘇州失陷，各府州縣亦將次不守，“是屆冬漕，隻將完善之川、奉、南三廳縣酌量征運”。因浙漕已經無法起征，蘇漕又少，京城隻能專恃北省雜糧，“餉糈民食，匱乏立形”。據報，江蘇川沙、南匯和奉賢三廳縣僅征米36500餘石，經剝等米890餘石，沙船耗米27600餘石，“起運漕米為數無多，一切情形又非往屆可比”。江蘇此次沒有設立海運省局、滬局，而是均由兼署蘇藩司吳煦與署糧道李萬傑會辦，知府汪有勳則前往天津負責交米。因米數太少，本次也沒有專派欽差驗米驗收，隻是由天津道酌派數員辦理。隨後兩年，即同治元年（1862）及二年漕運，江蘇更是因為“各城尚未收複，奏準停免征運”，漕糧海運完全停頓。浙江省的情況亦複如是。鹹豐十一年四月，巡撫王有齡奏稱，浙江各屬飽遭**，“逆匪所到之處，廬舍化為焦土，人煙寥寂，雞犬無聞”。浙江新漕無從起運，“惟有候來年各漕察看情形”。結果，從鹹豐十一年至同治四年，浙江一直都沒有恢複過海運。