因為已經有了兩次漕糧海運及鹹豐元年白糧海運的經驗，江蘇省於鹹豐二年舉辦的漕糧海運，籌辦過程相當快捷。不難發現，這次變革是政局危難之時，海運派官員對河運派官員的勝利。同時，還可以明顯地感覺到，在辦理海運的具體過程中，幾乎所有的結構性矛盾，並未得到根本解決。而陶澍等人樹立的海運“成案”，此時已經變成不可動搖的“圭臬”。
此次首舉海運之議的，是戶部尚書孫瑞珍。江南道監察禦史張祥普進一步要求，如果江蘇之常鎮與浙江之杭嘉湖同時海運，節省銀當在200萬兩以上，撥解河工，可濟急需。浙江拒絕試辦，江蘇則爽快地同意江蘇五屬漕糧全行海運。而且早在鹹豐帝的諭旨到達之前，陸建瀛和巡撫楊文定就已經和漕運總督楊殿邦磋商，策劃有關事宜。張祥普還提議，如果因江浙同時海運而導致沙船不足，可以在征漕時，聽民自願折色，既濟海運之窮，又係因民之便，船隻亦無虞不足。當然，江蘇再次反對折色，理由仍無變化：時間緊迫，若待酌定米價，核議章程，方才折銀，輾轉需時，必誤征輸時限。至於來年是否改折，則需預為體察，再行定議。
清廷在經曆了“青浦教案”後，對水手的問題一直心有餘悸，因此在議定的十條海運章程中，著重強調水手的安置問題。章程明示：“現照案飭令軍船各歸兌糧水次，並劄糧道參酌成案，將停歇軍丁應支月糧、苫蓋等銀籌款速放以恤丁力，其水手人等亦由該道督飭各州縣於軍船到次之日，查明水手人數，開造姓名、籍貫，各給資遣銀兩，押令速回本籍。”通過海運章程還可以知道海運的數量：額征漕米1445391石，緩征399135石，實征974249石；額征白糧72006石，共計1046255石，所缺額米399135石，籌辦丹徒截留京口兵米482石，實缺米398652石。雖說缺額要“照案籌補足額”，但事後卻未籌補。至於護送水師的人數，雖然也有大臣建議進行一定的調整，但是鹹豐帝指出，米船現經陸續開洋，若此時始令派委大員，“轉恐遷延時日，緩不濟急”，故應仍照定章，毋庸更張。當然，在這種狀態下，指望山東水師來保證漕糧海運的安全，是根本不可能的事。