道光二十年（1840）第一次鴉片戰爭的爆發，使清廷從“天朝上國”的迷夢中驚醒，身穿鎧甲、手持大刀長矛或是拿著火器的天朝勇士輸給了英夷，“天朝”的顏麵喪失殆盡。在這一過程中，許多事物隨著戰事的推進悄然發生著改變，漕運是最早受到這種衝擊的體製之一。
第一次鴉片戰爭圖
戰爭期間，道光帝多次降旨，強調長江對漕運的重要性，認為瓜洲係南方五省漕糧總匯，扼要之地，命兩江總督牛鑒小心防護。牛鑒回奏，瓜洲以下礁沙眾多，即便是長江沿岸的漁船也不敢輕易下水，那麽可推斷夷船也不敢輕易在瓜洲行進。道光帝對此表示讚同，並用朱批回複：“覽奏深慰廑念，仍著小心防範。”曆史無情地證明，這些全為無稽之談。中國通馬理遜早就向英軍統帥獻計，漕運以江寧為咽喉，英軍隻需盤踞江麵，阻絕南北，即可要挾清廷；否則揚言密招漢奸，挖衝高家堰堤，“計更無不得請者”。耆英等人借機恐嚇道光帝：“傳聞英人有戰若不勝，即遣漢奸偷挖高堰之信，禍患尤不可問。與其兵連禍結，流毒愈深，不若姑允所請，以保大局。”由於早有進入長江、切斷漕運的戰略企圖，英軍沿長江一線猛攻，占領鎮江後立即派艦隊封鎖運河口，將當時的近700隻沙船阻斷，切斷了與北方的商業聯係。事實上，英國早已有精細打算。有人分析，其侵入長江，“其意即在扼中國交通之衝要，借以要挾”，且鎮江未陷以前，英軍即以船封鎖運河北口之瓜洲，“可知其斷絕漕運之毒計，早決於未至鎮江以前也”。盡管此年的河運漕船已先期運抵通州，美國學者還認為，正是因為英國軍隊“通過占領運河和長江交匯處的南京，切斷了運河，從而為鴉片戰爭迅速有結果作出了重大貢獻”。
簽訂《南京條約》雙方代表合影舊照