（一）管理製度不健全，管理職責不明確
目前，我國尚無規範性法律文件集中規範行政事業單位國有資產管理，多校區辦學的衝擊凸顯了現階段高校國有資產管理“製度不健全，資源利用率低下，資產流失現象嚴重”的問題。具體主要包括以下幾個方麵。
第一，眾多高校通過新建、擴張或合並後，資產的數量急劇增加，資產經費來源、占用形式以及資產結構均發生了變化，但是高校資產管理體製並未隨之更新。各分校區仍沿用新建、擴張或合並前的管理模式，管理方式滯後。第二，長期以來，我國高校實行的是財政撥款的公有辦學體製和投入機製，高校高度依賴國家投資，注重資產預算安排，但不注重實物管理，不關注資產使用的長期性和綜合效益。第三，部分高校沿襲著管理主體多元化的體製，資產分散在不同的管理部門中，在管理環節上存在著交叉、重複和不銜接。而高校的多校區辦學使得不同校區不同部門間的溝通更加複雜，凸顯了資產管理的機製不暢和主管部門的職權不明問題，資產管理鬆散、重複購置、隨意處置的現象相當普遍。第四，高校缺乏對資產使用性的考慮，維修保養製度不健全，尚可維修的資產閑置的現象降低了資產使用率和投資效益。
（二）多校區資產分配不均，資產配置不合理
高校資產數量龐大，由於缺乏統一的配置標準，同一高校各校區之間資產配置存在“貧富不均”的現象。
多數增設校區的高校，新校區耗資巨大，校園占地麵積更大，建築配套設施更完善，卻極大地消耗老校區資產，這對高校合理分配多個校區資產來說無疑是一項很大的挑戰。合並重組的高校其資產理應統一管理，但各校區分布零散且格局複雜，在教學質量和設施建設等需求上存在較大的差異，導致高校在合並初期管理混亂，資產分配不合理。