多校區辦學使高校的外部環境和高校內部的教學、科研和後期保障等方麵都發生了變化。麵對多校區辦學校區分散、學科齊全和規模巨大等特點，高校管理工作必須考慮規範管理、合理配置資產的問題。
（一）集權式管理模式
集權式管理是指校級管理機構以校長辦公室為首，盡管高校擁有多個校區，校級管理機構集中分布在某一個校區，實行單個校本部，單個管理機構的條狀運行機製。
這種模式下，全校實行統一領導、統一規劃和統一行動的管理，學校的各項方針政策可有效地貫徹到院係教職工的工作中。同時，各校區日常工作反饋至校區管理機構，促進各校區取長補短，便於形成促進新校區發展的規章製度。但集權式管理模式存在一些不足。一方麵，校長需要管理分布在多個校區的眾多院係和直屬單位，過大的管理跨度導致管理成本的增加和管理效率的降低，而各校區缺乏對應功能的管理機構，管理工作滯後；另一方麵，各院係由於互相獨立，日常工作中更關注自身利益，而不是良性競爭的辦學實體。
（二）分權式管理模式
分權式管理是“以塊狀為主”的管理模式，每個校區都擁有功能完整的校區管理機構，每個校區都作為一個相對獨立的學校與校本部的管理相配套。
這種管理模式下，校長主要負責宏觀領導各個校區，製定高校發展的方針政策。各個分校區的領導和教職工在高校管理中能更好地發揮自身的主觀能動性。管理權力下放至分校區，減少了管理跨度，提高了分校區管理的效率和及時性。但管理權力下放至分校區強化了分校區的權力，分散了校本部的管理權力，弱化了學校的統一管理，弱化了分校區與校本部的聯係，容易導致教職工對學校的歸屬感的降低；同時，分校區的校區管理機構的重複建設，造成管理成本的增加，導致人、財、物等資源的浪費。