（一）高校博物館法律製度待完善，管理機製尚不健全
《博物館管理辦法》《國家文物局、教育部關於加強高校博物館建設與發展的通知》《博物館條例》《中華人民共和國文物保護法》等法律製度文件是高校博物館運行的依據。《高等學校博物館管理條例》目前還沒有發布。在管理機製上，高校博物館日常業務由文物部門指導；行政關係隸屬於教育主管部門，教育主管部門內部沒有設立直接對口的管理單位。高校內部，一般也沒有直接的博物館管理部門。許多高校采用的是“二級單位負責博物館建設，資產賬務管理歸屬於資產部門，陳列開放歸屬於會展部門”的管理模式。
高校建設與發展博物館，應當摒棄等與靠的觀念。結合學校現有的博物館運行狀態，發展趨勢與要求，不同渠道的經費支持等實際情況，擬定未來三至五年或者更長時間的發展規劃。具體內容包括：博物館名稱的調整；博物館在校內的機構級別、管理模式；博物館的新建、修繕、環境改造事宜；文物修複、展品添置計劃與經費預算；自製標本的獎勵機製；博物館開放規模及成效。高校還要完善管理製度，製定切實可行的工作實施方案。學校層麵製定涵蓋博物館資產管理、文物修複、對外交流、人員培訓等多方麵內容的製度，各分館製定實施細則。
（二）文物及陳列品資產賬務管理需要不斷加強
根據2011年發布的國家標準《固定資產分類與代碼》（GB/T 14885—2010），文物及陳列品作為固定資產獨立的一大類（第四大類），具有特殊性和重要性。
文物及陳列品價值總量不高，其在學校資產總量中所占比例小，對其價值的認定尚沒有引起資產部門的高度重視。在學校資產賬上，存在嚴重低估文物及陳列品價值，或是資產賬記錄不清楚的情況。主要的原因有：幾十年前采購的文物，當時按照交換價值驗收入庫，隨著時間推移，市場價值已是采購價值的數倍或數十倍，但賬麵價值並沒有調整；大部分動植物、地質標本是教師帶領學生野外實習采集的樣本，沒有計價；公司或個人贈予學校的陳列品，或者在學術交流時學校之間交換的標本等，沒有計價。受不同曆史時期賬務記錄的要求和管理水平的限製，有的賬務記錄不清晰並且一直沒有加以糾正。例如，資產名稱記為“文物一批”，資產明細未知，這就是一筆不清晰的賬目。