巴赫該感謝他的長兄約翰·克裏斯多夫·巴赫——一位傑出的管風琴演奏家，管風琴大師巴赫貝爾的學生。父母去世後，巴赫投奔長兄，來到奧爾德魯夫。盡管在最初的日子裏，長兄對於巴赫提出的各種音樂方麵的問題反應冷淡，盡管巴赫極盡懇求長兄閱讀他的音樂手抄譜仍遭到拒絕，但是，在10~15歲這段最重要的時間裏，跟隨哥哥學習各種音樂技法，甚至有幸受到哥哥的老師帕赫貝爾大師在古鋼琴和管風琴演奏方麵的幫助與指點，對巴赫的音樂生命來說是至關重要的。很多時候，人們誤解巴赫與哥哥之間的關係，想當然地認為一個孤兒在長兄的家中，與五個侄兒一起生活，經濟條件又如此拮據，定會飽受寄人籬下之苦。事實上，巴赫和長兄之間感情頗深，克裏斯多夫去世時年僅50歲，巴赫以管風琴譜寫了一首《E大調隨想曲》獻給他，並在悼念哥哥的訃文中滿懷感情地敘述了一件事：憑著對音樂的濃鬱興趣，他要閱讀長兄珍藏的音樂資料，而長兄拒絕後將羅伯蓋爾等大師的手抄樂譜鎖進書櫃。巴赫日思夜想，每日趁長兄熟睡，溜進書房，打開書櫃，偷偷抄寫樂譜。時間久了，終被察覺，長兄憤怒之下將巴赫的筆記撕得粉碎。巴赫未因此記怨長兄，並且戲稱這件事為“天真無邪的欺騙行為”。確實巴赫與克裏斯多夫之間的感情絕非能夠如抄寫的樂譜一樣被撕碎，這種感情並不僅限於兄弟間的手足之情、撫養之恩，更有作為巴赫音樂學習曆程中指路者的師生之友誼。
巴赫一生與管風琴相伴，它不但是最能體現巴赫藝術造詣的樂器之一，而且為他創作其他鍵盤作品提供了契機。巴赫打破了管風琴的傳統演奏慣例，更加注重和聲效果，首創五指並用的演奏技巧，並將踏板技巧與鍵盤技巧緊密結合，甚至有時會在手腳不夠時，用嘴銜起一根木棒觸鍵，因此製造出了前所未有的音響效果。1714年年底，巴赫訪問卡塞爾城，為弗裏德裏希親王演奏管風琴時引起了轟動，有人這樣回憶當時的情形：“他的腳在踏板上飛行，仿佛是長了翅膀一樣，使得聲音像暴風雨中的雷鳴閃電一樣在回響。”親王被巴赫的演奏技巧所震撼，當即退下手指上的戒指贈給他。“就像希臘隻有一個荷馬，羅馬隻有一個維吉爾，德國也隻有一個巴赫。在管風琴和羽管鍵琴的演奏上，全歐洲迄今還沒有人能與他相比，將來也不會有人能超過他。”這句來自於三個世紀前的評價，至今無人能夠改變。