製度的問題要通過製度來解決，我國農村土地流轉中的農民土地權益保護問題還是要從製度的角度入手。農村土地製度的創新和完善是農民土地權益保護的根本，農民土地權益保護是改革和發展的主線。我國農村土地流轉中農民土地權益保護法律製度的完善亦受城市化發展的影響並應借鑒國外的一些經驗。我國土地流轉中農民土地權益保護法律製度完善的基本原則是堅持農村集體土地所有製，要義是保證流轉中農民和土地的自由與平等，目標是實現土地資源配置的效率和秩序。針對現實中存在的損害農民土地權益之因素，基於上述價值目標的選擇，我們在完善法律製度的基礎上，也要根據不同土地類型所需選擇不同的土地流轉模式：承包地經營權流轉要實現規模經營；集體經營性建設用地與國有土地同權同價；宅基地使用權根據使用情況區別流轉；對小產權房則分類進行清理。對法律製度的完善以及不同類型土地流轉模式的選擇，既實現了土地流轉的有序性，又保障了農民土地權益在土地流轉中的落實，更為重要的是，製度的完善和模式的合理選擇對於我國耕地保護亦具有極其重要的現實意義。
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