城市化、土地流轉和農民土地權益保障之間存在緊密的內在邏輯關係。城市化發展需要土地資源這一要素，這就意味著要對農村土地這一資源要素進行重組。在我國“公有”的土地資源配置方式之下，相較於土地征收和土地征用製度，土地流轉製度在實現農村土地的城市化使用中能更有效地照顧到多方參與主體在土地流轉中的利益平衡。因為從法理上對土地征收、土地征用和土地流轉三種城市化發展中的土地資源配置方式進行分析可以發現，土地流轉排除了土地征收和土地征用中主體（土地所有權主體）和客體（國有土地和集體土地）法律地位的不平等，使得土地資源之配置方式建立在自願、有償的基礎之上。這有效地刺激了土地在不同主體之間的流動從而實現優化配置。
土地流轉不僅滿足了城市化發展的用地需求，更為重要的是它有利於農民土地權益的實現。農民的土地權益包括豐富的內容，根據我國法律製度設計以及農村普遍現狀，農民的土地權益包括財產性權利、非財產性權利以及社會保障權等內容。而這些權利內容中農民的土地財產性權利對於農民的意義更為重大。其他權利的實現是農民的土地財產性權利實現的基本保證。土地流轉收益是土地流轉中農民土地權益的本質內容，包括流轉利益、增值利益、工資收益等。但是由於參與土地流轉的主體具有多元性，在土地流轉收益麵前基於利己的本能必然導致多元主體之間的利益博弈。農民的弱勢性也使得他們在土地流轉收益分配中存在潛在風險。
總體來說，從我國現有法律製度和發展現狀看來，城市化發展和土地流轉在時間和相關性這兩個維度上都表現出相互促進的耦合關係。土地流轉既能滿足城市化發展的用地需求，推動城市化建設進程；也能為農民帶來土地流轉收益；同時也存在侵犯農民土地權益的潛在風險。我國城市化發展要“以人為本”，讓廣大農民平等參與並共同分享城市化發展的成果；土地流轉基於平等主體之間的自願行為，國家政策文件一再強調不能損害農民的土地權益。可以說，農民土地權益的實現是城市化發展和農村土地流轉的核心所在；如果農民的土地權益不能得到切實保護，城市化就不是好的城市化，土地流轉也難以為繼。在城市化、土地流轉和農民土地權益三者的關係中，城市化發展的目標是提高農民權益的實然狀態，規範的土地流轉是農民土地權益實現的重要因素，而規範的土地流轉和農民土地權益的實現又能為城市化發展提供基本要素和良好社會環境。因此，農民土地權益保障就成為整個發展工作的重中之重，尤其是在農民土地權益受到潛在風險威脅的情況下，對農民土地權益的實現情況必須予以高度重視。