在亞曆山大占領了小亞以後，波斯帝國皇帝大流士三世認為，亞曆山大的目的隻不過是要占領小亞西海岸的希臘人的城邦，為希臘人報仇，所以並未在意亞曆山大在小亞的軍事上的勝利；他曾任命希臘人邁濃擔任小亞細亞沿岸軍區總司令，率領所部和全部海軍進入愛琴海，想去攻打空虛的馬其頓和希臘各邦，突襲亞曆山大的總後方。但邁濃很快死了，大流士三世的這一計劃遭到了破產。後來，馬其頓的軍隊不僅占據了小亞西海岸各地，更進而占領了西裏西亞和整個小亞。這時大流士三世開始緊張了起來，他調集了大批軍隊到達了古代亞述境內的索契。當時，亞曆山大的軍隊駐在米瑞安德拉斯，而大流士三世在一些人的慫恿下穿過了阿曼尼亞關口，從希臘人手中奪回了伊蘇斯城，亞曆山大聞聽此消息後，立即回軍伊蘇斯，和大流士三世進行了一次對決。當時大流士擁有號稱六十萬人的一支大軍，他先派了三萬騎兵去品那斯河，配以兩萬輕裝步兵；又從希臘雇傭兵中抽出三萬人部署在前方，麵對馬其頓方陣，然後在兩翼各部署六萬卡達克部隊（都是重裝部隊）；又在麵對亞曆山大右翼的地方部署了兩萬兵力，這些部隊實際上已經延伸到了亞曆山大部隊的後方。
亞曆山大則把他的被稱為“戰友”的部隊，色薩利部隊和馬其頓部隊都調來，部署在右翼，由他自己指揮；所有的伯羅奔尼撒部隊和其他聯軍部隊都派往左翼，歸帕曼紐指揮。大流士三世將大部分騎兵調至帕曼紐的對麵，因為那裏便於騎兵展開。大流士本人則像以往波斯人排兵布陣一樣，自己位居中央。這時候亞曆山大看到幾乎波斯的所有騎兵都集中在他的比較弱的左翼，於是他暗自將色薩利騎兵調到左翼，以加強他們，又作了其他一些調動。