初時，岡比西斯也像居魯士一樣，以波斯和埃及聯合的形式對埃及進行統治。他按埃及的習慣加冕，稱自己為“埃及之王，各國之王”，並用“拉（神）、荷魯斯（神）、奧西裏斯（神）的後裔”的稱號。公元前525年8月底，岡比西斯被承認為埃及之王。從這時候起，埃及進入了波斯人統治的第二十七王朝時期。岡比西斯不承認普薩美提克三世是埃及合法的國王，而認為自己是直接繼承阿瑪西斯為埃及之王的，而且是從公元前530年就成了埃及之王了。在有的文件中稱岡比西斯八年，這就是從公元前530年，即從岡比西斯成為波斯國王時起就算是埃及之王了。因為岡比西斯的統治是從公元前530—前522年，總共才八年。岡比西斯任命一個名叫阿律安戴斯的人去管理埃及（包括利比亞和昔勒尼），但在大流士統治時期，據希羅多德說，由於他鑄造了成色不足的銀幣和謀叛而被大流士處死。[1]後來埃及被降為波斯帝國的一個行省，由波斯總督統治。
公元前522年，大流士上台當上了波斯帝國的國王後，在波斯本土發生反對大流士統治的起義時，埃及也發生了起義，反對波斯人的統治，這在大流士的《貝希斯吞銘文》中有所反映：
當我在巴比倫的時候，下列諸省叛離了我：波斯、埃藍、米底、亞述、埃及、帕提亞、馬爾吉安那、薩塔吉地亞、斯基泰。[2]
在《貝希斯吞銘文》中，說到了許多地方起義被鎮壓的情況，但沒有說到埃及起義被鎮壓的事。可能也被鎮壓了，因為大流士曾在公元前518年夏末到過埃及，住在孟菲斯。在埃及有不少有關大流士的銘文。可能正是在這時候他處死了阿律安戴斯，並任命了費倫達特為埃及總督。在埃及期間，大流士命令修建了從尼羅河至紅海之間的運河。這使埃及可從海路直達波斯。